Dokumen Asli
Terbatas  Dessy Rondang Monaomi
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Dessy Rondang Monaomi
» Gedung UPT Perpustakaan
Demam Berdarah Dengue (DBD) disebabkan oleh virus dengue (DENV) yang
ditularkan melalui nyamuk Aedes. Dalam beberapa tahun terakhir, kasus DBD di
Indonesia terus meningkat. Hal ini menekankan perlunya metode diagnostik yang
lebih efisien dan efektif. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan biosensor
berbasis peptida yang dapat mendeteksi biomarker NS1 dari virus dengue.
Penelitian sebelumnya oleh Putri (2023), telah mendesain peptida bernama
peptida Mut 11. Peptida Mut 11 memiliki afinitas tinggi terhadap protein NS1.
Penelitian lanjutan bertujuan untuk melakukan imobilisasi peptida pada substrat
grafena dan carbon nanotube (CNT). Peningkatan stabilitas interaksi antara
peptida dan substrat dilakukan dengan menambahkan linker 1-pyrenebutanoic
acid succinimidyl ester (PBSE) pada peptida. Proses penelitian mencakup
pemilihan substrat, biokonjugasi peptida dengan linker, simulasi interaksi peptida
dengan substrat, dan analisis kestabilan interaksi.
Simulasi dinamika molekuler menggunakan perangkat lunak GROMACS.
Tahapan simulasi meliputi minimisasi energi, ekuilibrasi suhu dan tekanan, serta
produksi simulasi selama 10 nanosekon. Parameter yang digunakan adalah medan
gaya GROMOS54a7, sistem air SPC, serta penjagaan kondisi lingkungan pada
suhu 300 K dan tekanan 1 bar. Hasil simulasi menunjukkan bahwa peptida Mut 11
tidak stabil berinteraksi dengan grafena dan CNT. Setelah dilakukan penambahan
linker PBSE pada peptida Mut11, interaksi peptida dengan CNT menghasilkan
nilai RMSD rata-rata 2.703 ± 0.844 nm dan radius girasi rata-rata 1.211 ± 0.115
nm. Sistem peptida terkonjugasi dan CNT tersebut menjadi sistem yang paling
stabil dibandingkan sistem peptida Mut 11 dan substrat. Kesimpulan dari
penelitian ini adalah biokonjugasi peptida dengan linker PBSE efektif dalam
meningkatkan stabilitas interaksi peptida dengan substrat CNT. Hal tersebut
menunjukkan adanya potensi pengembangan dalam biosensor berbasis peptida
untuk deteksi virus dengue.