Perpustakaan Digital ITB

Sebelumnya tim ITB telah melakukan ekspedisi di sekitar Palung Jawa pada kedalaman >1000 m di bawah permukaan laut dan berhasil mengisolasi bakteri dari air laut, yaitu Priestia flexa. Setelah dilakukan Whole Genome Sequencing, diketahui bakteri tersebut memiliki jalur metabolisme sekunder carotenoid, salah satunya likopen. Likopen merupakan senyawa carotenoid alami yang memiliki sifat antioksidan, antikanker, antiinflamasi, dan anti aging. Namun, karakterisasi dan produksi terkait biosintesis likopen pada Priestia flexa belum banyak dilakukan. Oleh karena itu penelitian ini difokuskan pada karakterisasi klaster gen Priestia flexa penghasil likopen. Metode yang digunakan secara in-silico mencakup komparasi genom menggunakan OrthoANI, NCBI, dan antiSMASH; identifikasi klaster gen dengan KEGG ontology, FGENESB, FindTerm, dan BPROM; identifikasi motif dan domain dengan MEME-Suites dan CD-Search. Hasil identifikasi menunjukkan klaster gen yang berperan dalam sintesis likopen tersebut yaitu crtINM. Klaster gen crtINM mentranskripsikan phytoene desaturase (crtI ±1.530), diapophytoene desaturase (crtN ±1.455 bp), dan phytoene synthase (crtM 837 ± bp). Klaster gen tersebut diidentifikasi memiliki peran dalam mensintesis 4,4’-diapolycopene (C30H40). Hasil karakterisasi menunjukkan adanya kekerabatan evolusioner pada CrtI dan CrtN, juga CrtM dan CrtB (homolog crtM) yang membentuk motif dan domain pada daerah lestarinya. Hasil analisis terhadap motif CrtI dan CrtN pada kelompok FAD/NAD(P)-binding domain superfamily dan CrtM menunjukkan bahwa ketiga gen tersebut merupakan pengkode protein yang termasuk ke dalam squalene/phytoene synthase family. Sementara itu, berdasarkan hasil analisis klaster gen likopen menunjukkan bahwa kelompok domain CrtI dan CrtN merupakan phytoene dehydrogenase-related protein (cl34198 superfamily) dan CrtM merupakan ERG9 (cl43455 superfamily).