Teori biogeografi pulau berpengaruh terhadap keberadaan flora dan fauna di area pulau yang sedang dikaji. Dampak tersebut dapat berupa kekayaan jenis, tingkat endemisitas dan tingkat kepunahan spesies. Sebagai kawasan konservasi, Cagar Alam Pulau Dua di Serang Banten memiliki kondisi lingkungan yang cukup baik sebagai habitat dari avifauna dan reptilia yang menjadi fauna ikonik dari kawasan tersebut. Saat ini, kawasan memiliki beberapa ancaman dan gangguan terhadap kehidupan faunanya yang disebabkan oleh karakteristik biogeografis pulau dan penggunaan lahan di sekitar kawasan. Selain itu, bentuk Cagar Alam Pulau Dua yang terfragmentasi dan berdampingan dengan tambak membuat kondisi daya dukung kawasan Cagar Alam Pulau Dua terhadap kehidupan avifauna dan reptilia perlu dikaji lebih lanjut. Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian tentang keanekaragaman dan kepadatan avifauna dan reptilia serta nilai konservasi kawasan ekosistem mangrove terhadap komunitas avifauna dan reptilia. Hasil nilai indeks keanekaragaman avifauna sebesar 1,7 sedangkan indeks keanekaragaman reptilia sebesar 1,96. Ketiga hasil indeks keanekaragaman termasuk pada kategori sedang. Kepadatan populasi avifauna sebanyak 94 individu/ha sedangkan kepadatan populasi reptilia sebanyak 8,5 individu/ha. Indeks CVI avifauna sebesar 0,38 sedangkan indeks CVI reptilia sebesar 0,58. Berdasarkan hasil analisis yang telah dilakukan, kondisi Cagar Alam Pulau Dua memiliki keterbatasan dalam aspek biogeografi yaitu bentuk yang memanjang sehingga memiliki daerah interior yang sempit dan terfragmentasi dengan adanya penggunaan lahan lain disekitar kawasan. Oleh karena itu, dibutuhkan suatu perubahan pada kawasan agar dapat meningkatkan mobilitas fauna, menghindari kepunahan secara lokal, dan meningkatkan nilai konservasi kawasan.