Perpustakaan Digital ITB

Udang merupakan salah satu organisme akuatik yang populer dibudidayakan dan termasuk dalam kategori tambak perikanan yang merupakan salah satu kegiatan prioritas nasional yang sedang diusahakan peningkatan produksinya menjadi 10.32 juta ton pada tahun 2024. Udang yang merupakan salah satu organisme invertebrata dan memiliki sistem imun primitif sangat mudah terserang penyakit dan penyebaran penyakit akibat virus sangat cepat dan menyebabkan kerugian besar bagi penambak udang. Saat ini proses pengecekan yang umum dilakukan saat ini adalah melalui test polymerase chain reaction (PCR) konvensional di laboratorium sehingga pendeteksian penyakit pada udang sebelum ditemukannya gejala klinis memakan waktu yang lama padahal pendeteksian harus dapat dilakukan sedini mungkin agar udang yang terinfeksi penyakit dapat segera dipisahkan dan dimusnahkan untuk mencegah penyebaran penyakit yang lebih luas sehingga kerugian dapat diminimalisir. Pada tugas akhir ini, suatu sistem berupa alat dikembangkan untuk bisa melakukan pendeteksian penyakit white-spot syndrome virus (WSSV) dengan memanfaatkan teknologi quantitative polymerase chain reaction (qPCR). Sistem yang dibuat diharapkan memiliki karekteristik portable sehingga dapat dibawa kemana saja termasuk ke tambak udang. Sistem diharapkan memiliki antarmuka yang mudah digunakan dan dapat beroperasi pada daerah yang keandalan sumber listriknya masih rendah. Buku tugas akhir ini secara spesifik membahas mengenai proses perancangan, implementasi, dan pengujian dari salah satu subsistem dari keseluruhan sistem yang dibuat yaitu subsistem identifikasi yang memiliki fungsi utama untuk melakukan proses identifikasi terhadap sampel berupa substrat deoxyribonucleic acid (DNA) yang diproses dengan mengunakan metode qPCR yang terdiri dari proses denaturasi, annealing dan ekstensi. Keluaran dari subsistem ini berupa informasi hasil qPCR yang terdiri dari hasil identifikasi DNA dan kurva hasil identifikasi. Bagian-bagian yang dikerjakan pada subsistem ini diantaranya yaitu skema pencahayaan yang dilakukan terhadap sampel, proses akuisisi gelombang cahaya emisi dari substrat, dan algoritma identifikasi.