Perpustakaan Digital ITB

Penyakit COVID-19 ditetapkan sebagai pandemi global pada 11 Maret 2020 dan tersebar ke 223 negara termasuk Indonesia, yang menduduki peringkat ke-14 dengan kasus positif terbanyak per 19 Oktober 2021, yaitu 4.235.384 total kasus positif. Penyakit ini disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 yang termasuk ke dalam famili Coronaviridae. Virus SARS-CoV-2 telah mengalami mutasi sehingga menyebabkan munculnya varian-varian baru, dimana beberapa varian termasuk varian mengkhawatirkan (Variant of Concern / VOC). Mutasi pada varian tersebut dikarakterisasi melalui mutasi protein spike (S) yang berinteraksi dengan reseptor hACE2. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan analisis profil mutasi protein S dari VOC di Indonesia sampai dengan tanggal 17 Juni 2021. Metodologi penelitian meliputi analisis mutasi protein S pada 1.676 sampel di Indonesia berdasarkan database GISAID. Analisis filogenetika dilakukan melalui konstruksi kelompok data, pensejajaran dengan MAFFT, pemotongan sekuen dengan Gblocks, dan konstruksi pohon filogenetik menggunakan Mr. Bayes. Protein hasil pensejajaran MAFFT dianalisis menggunakan menggunakan CoV-GLUE, pengelompokkan mutasi VOC dengan nilai frekuensi ? 1,85%, pemodelan homologi SWISSMODEL, mutagenesis dengan PyMOL, docking molekuler dengan HDOCK, serta mekanika molekuler MM/GBSA. Hasil analisis menunjukkan terdapat 26 varian di Indonesia, dimana varian lokal (B.1.466.2 dan B.1.470), serta VOC Alfa dan Beta, serta varian Delta paling banyak ditemukan di Provinsi Bali, Provinsi DKI Jakarta, dan Provinsi Jawa Barat, secara berurutan. Mutasi N501Y pada varian Alfa, Beta, dan Gamma, serta mutasi P681R pada varian Delta menunjukkan pengaruh positif terhadap stabilitas interaksi antara protein S dengan reseptor hACE2, dimana kedua mutasi tersebut menunjukkan nilai ??GIkatan di atas 0,5 kcal/mol yang lebih tinggi dari virus Wuhan. Peningkatan jumlah ikatan hidrofobik (100 ikatan) hanya diperoleh pada mutasi N501Y dibandingkan referensinya. Oleh karena itu, mutasi N501Y yang terdapat pada varian Alfa, Beta, dan Gamma, serta mutasi P681R dari varian Delta merupakan mutasi dan varian yang perlu diwaspadai berdasarkan hasil analisis in silico. karena berpotensi memunculkan varian-varian virus yang lebih cepat menular dan meningkatkan potensi perburukan saat infeksi.