Perpustakaan Digital ITB

Histon deasetilase (HDAC) merupakan kelompok enzim yang berperan dalam deasetilasi protein histon yang berikatan kompleks dengan DNA pada nukleosom dan terlibat dalam regulasi ekspresi gen. Sirtuin 7 (SIRT7) adalah salah satu anggota enzim HDAC kelas Ill yang telah diketahui peranannya dalam berbagai jenis kanker secara in vitro dan in vivo serta memiliki peluang untuk dikembangkan menjadi target Obat antikanker baru. Sampai saat ini belum ada data eksperimen terkait struktur tiga dimensi enzim SIRT7 dan juga inhibitornya. Penelitian ini bertujuan untuk membuat model protein SIRT7 menggunakan pemodelan homologi dengan memanfaatkan data urutån asam amino SIRT7 yang tersedia di database, melakukan simulasi docking, dan simulasi dinamika molekul untuk memprediksi interaksi antara model enzim dan inhibitor. Pembuatan model dilakukan dengan metode pemenuhan kekangan ruang menggunakan Modeller v9.15 dan metode threading menggunakan I-TASSER@. Alignment dilakukan dengan metode sekuen-sekuen tunggal, sekuen-sekuen ganda, dan profil-profil untuk mendapatkan model terbaik. Evaluasi model dilakukan dengan penilaian sifat streokimia dan sifat ruang. Model terbaik dipilih untuk dioptimasi dan ditambahkan kofaktor dengan simulasi dinamika molekul. Kemudian, model tersebut digunakan untuk studi docking dengan inhibitor yang telah dikembangkan untuk isoform SIRTl dan SIRT2. Hasil docking pada SIRT7 dibandingkan terhadap hasil docking pada kedua enzim tersebut. Hasil docking 53 senyawa dari tiga kelompok inhibitor menunjukkan bahwa molekui NAM6 dan Ha29 merupakan kandidat inhibitor terbaik untuk model enzim SIRT7. Hasil docking juga menunjukkan energi interaksi NAM6 yanguebih baik pada enzim SIRT7 (—7,59 kkal/mol) dibandingkan pada isoform SIRTl dan SIRT2 (masing-masing —6,57 dan —7,29 kkal/mol). Hasil docking inhibitor pada ketiga enzim juga memberikan informasi mengenai perbedaan fitur pengikatan inhibitor pada enzim SIRT7 dibandingkan dua isoform lainnya. Simulasi dinamika molekul kompleks SIRT7-NAM6 dan SIRT7-Ha29 menunjukkan bahwa kedua inhibitor memiliki ikatan yang stabil pada enzim.