Perpustakaan Digital ITB

Stunting berkorelasi dengan dysbiosis pada saluran pencernaan anak. Dysbiosis yang terjadi pada saluran pencernaan anak dapat dibentuk dan dipengaruhi juga oleh bakteri pada ASI yang dikonsumsi. Dalam komunitas bakteri pada ASI terdapat kandidat patogen seperti Enterobacter, Pseudomonas, Escherichia, dan Staphylococcus yang jika jumlah serta diversitasnya tidak seimbang akan meningkatkan kemungkinan terjadinya infeksi sehingga dapat mengganggu kemampuan penyerapan nutrisi pada saluran pencernaan dan meningkatkan kemungkinan terjadinya stunting pada anak. Analisis diversitas bakteri berbasis gen 16S komunitas mikroba dengan metode NGS dan isolasi mikroba dari sampel ASI Ibu yang memiliki anak normal dan stunting telah dilakukan. Hingga saat ini, belum ditemukan marker gene yang dapat digunakan untuk mendeteksi keberadaan bakteri patogen yang berasosiasi terhadap stunting. Selain itu, identifikasi patogen sebagai marker stunting menjadi tantangan karena adanya transfer gen horizontal pada komunitas bakteri dalam biofilm. Penelitian ini bertujuan: (1) mengidentifikasi gen faktor virulensi dari patogen yang terdapat pada komunitas bakteri ASI dan memiliki potensi asosiasi dengan stunting; (2) merancang primer untuk amplifikasi gen faktor virulensi kandidat marker gene; dan (3) mendeteksi keberadaan kandidat marker gene target pada isolat murni bakteri dari ASI dan komunitas bakteri ASI. Penentuan gen dilakukan dengan menyeleksi gen faktor virulensi dari isolat kandidat patogen yang telah terisolasi. Kemudian, dilakukan seleksi gen berdasarkan mekanisme patogenisitas yang relevan dengan stunting. Pencarian sekuens gen dilakukan pada database NCBI dan daerah lestari gen dideteksi melalui analisis Multiple Sequence Alignment (MSA). Primer didesain menggunakan perangkat lunak SnapGene dan profil PCR dioptimasi secara in silico menggunakan IDT Oligoanalyzer. Suhu annealing primer dioptimasi menggunakan metode PCR gradien. Kontrol positif didapatkan dari isolat referensi dan sintesis template kontrol. Sampel yang dianalisis berasal dari ekstraksi DNA mikroba pada ASI ibu dengan anak normal (berusia 1, 2, 3, dan 6 bulan) dan stunting (berusia 3 dan 6 bulan) serta isolat murni bakteri yang berasal dari sampel ASI (Enterobacter sp., Pseudomonas sp., dan Brevundimonas sp.). Ekstraksi DNA dilakukan menggunakan beads-beater, metode CTAB dan fenol-kloroform (dengan modifikasi). Deteksi gen target sampel dilakukan menggunakan PCR dan divisualisasikan menggunakan elektroforesis gel agarosa 2%. Dari 53 faktor virulensi dari 7 genus kandidat patogen pada ASI, dipilih lima kandidat gen faktor virulensi yang relevan dengan stunting, yaitu Curly Fimbria (csgA dan csgD), Staphylococcal Enterotoxin (sea dan seb), dan T3SS Effector (exoS). Hasil visualisasi menunjukkan bahwa gen Curly Fimbria (csgA dan csgD) ditemukan pada semua sampel, baik isolat murni bakteri kandidat patogen maupun komunitas bakteri ASI. Pada gen Staphylococcal Enterotoxin (sea dan seb), tidak ditemukan kontrol positif dari isolat referensi yang ada, sehingga sintesis templat kontrol PCR dilakukan. Namun, hasil visualisasi menunjukkan bahwa gen Staphylococcal Enterotoxin (sea dan seb) tidak ditemukan pada semua sampel, baik isolat murni bakteri kandidat patogen maupun komunitas bakteri ASI. Gen T3SS Effector (exoS) ditemukan pada sampel Enterobacter sp. S3A4, Pseudomonas sp. N3A5, dan Brevundimonas sp. S6I1, serta pada komunitas bakteri ASI dari ibu dengan anak normal. Berdasarkan data tersebut dapat disimpulkan, gen Curly Fimbria (csgA dan csgD) dan T3SS Effector (exoS) merupakan gen faktor virulensi yang terdapat pada komunitas bakteri pada ASI dan berpotensi untuk diujikan lebih lanjut sebagai marker gene patogen yang memiliki asosiasi dengan stunting. Primer dari kedua gen tersebut berhasil dirancang dan mendeteksi amplikon target pada isolat murni bakteri kandidat patogen dari ASI dan komunitas bakteri ASI, baik ASI Ibu dengan anak normal maupun anak stunting. Pada penelitian selanjutnya, primer yang dirancang dalam studi ini dapat dievaluasi lebih lanjut dengan sampel yang lebih banyak atau pada tingkat populasi serta menggunakan metode kuantitatif. Diperlukan Konfirmasi lebih lanjut untuk memastikan fenomena transfer gen horizontal.