Dinamika kawasan pesisir mencakup proses sedimentasi yang penting untuk mengetahui kondisi pesisir tersebut. Peningkatan jumlah sedimentasi dapat menimbulkan adanya pendangkalan dan mengganggu kelancaran aliran sungai serta transportasi ke laut. Wilayah pesisir seperti muara sungai berkaitan erat dengan masalah sedimentasi. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui karakteristik dari sedimen, laju deposisi, dan muatan sedimen yang keluar dari muara Sungai Ender, Kabupaten Cirebon serta hubungannya dengan arus dan debit sungai. Pengukuran muatan sedimen dilakukan menggunakan metode pengambilan sampel air secara melintang dalam suatu penampang pada kedalaman 0,2D dan 0,8D di muara sungai. Dua kedalaman tersebut merupakan kedalaman aktual yang diukur pada saat proses pengambilan sampel. Laju deposisi sedimen diukur menggunakan metode perangkap sedimen yang diletakkan selama 40 hari di 6 stasiun. Karakteristik sedimen diketahui melalui uji laboratorium dari pengambilan sampel sedimen dasar dengan jarak 200 meter antar stasiunnya. Dari pengukuran lapangan dan uji laboratorium didapatkan bahwa muatan sedimen yang keluar dari muara Sungai Ender pada kondisi menuju pasang sebesar 2,493 kg/s dan pada kondisi menuju surut sebesar 2,528 kg/s dengan laju pengendapan (deposisi) rata-rata sebesar 1,978 kg/m3/hari. Sedimen pada muara Sungai Ender didominasi oleh jenis sedimen lempung (clay). Berdasarkan hasil kurva ukuran butir digunakan ukuran butir sedimen D60 dan D90 dengan nilai masing-masing D60 sebesar 0,002 mm dan D90 berkisar 0,008-0,425 mm serta kecepatan jatuh sedimen berkisar 0,0001-0,178 mm/s. Kecepatan jatuh sedimen tertinggi berada pada muara sungai bagian timur. Rata-rata kecepatan arus pada kondisi menuju pasang sebesar 0,062 m/s dan kondisi menuju surut sebesar 0,124 m/s dengan debit sungai rata-rata sebesar 3,713 m3/s.