Perpustakaan Digital ITB

Penggunaan kitosan sebagai edible coating dapat dilakukan untuk menghambat pematangan pada buah, namun perlu dikaji lebih lanjut mengenai pengaruh penyalutan kitosan terhadap distribusi dan aktivitas bakteri yang hidup di daging buah pisang selama pematangan. Tujuan penelitian ini adalah melakukan analisis pengaruh pematangan dan penyalutan kitosan terhadap profil distribusi bakteri serta terhaap ekspresi gen bakteri tersebut, khususnya gen yang termasuk ke dalam kelompok respon stresss dengan menggunakan data metatranskriptomik. Data metatranskriptomik dari buah pisang Cavendish (SRP300468) diolah dengan mengadaptasi pipeline SAMSA2. Sekuens RNA kemudian dibersihkan dari rRNA agar diperoleh data mRNA yang kemudian dianotasi menggunakan database RefSeq NCBI dan SEEDS Subsystem. Pengolahan data diakhiri dengan analisis ekspresi gen diferensial menggunakan tool DESeq2. Hasil analisis menunjukkan bahwa Proteobacteria dengan kelimpahan relatif pada seluruh sampel sekitar 51-55%, Firmicutes dengan kelimpahan relatif sekitar 18-19%, dan Actinobacteria dengan kelimpahan relatif 12-14% merupakan core taxa di tingkat filum, sedangkan Staphylococcus dengan kelimpahan relative 9.6-11.4% dan Acinetobacter dengan kelimpahan relative 8.9-10.6% adalah core taxa di tingkat genus. Analisis fungsional menunjukkan bahwa pematangan lebih banyak menyebabkan terjadinya perubahan ekspresi diferensial dari gen fungsional bakteri dibandingkan penyalutan kitosan. Gen-gen yang berperan dalam menoleransi cekaman oksidatif, cekaman osmolaritas, serta akuisisi nutrisi adalah gen-gen terkait respon stresss yang mengalami perubahan ekspresi secara signifikan selama pematangan. Penelitian ini juga mengkaji jalur metabolisme glutation yang termasuk salah satu jalur terkait respon stresss. Pada jalur metabolisme ini, gen yang berperan penting berdasarkan jumlah ekspresinya adalah glutation peroksidase yang diekspresikan secara dominan oleh Acinetobacter pada seluruh sampel dengan persentase 91-95%, serta enzim glutation S-transferase yang pada hari pertama pematangan diekspresikan dominan oleh Novosphingobium sebanyak 33-34%, sedangkan pada hari ketujuh pematangan diekspresikan dominan Thalassospira dengan persentase 28-33%. Keseluruhan hasil analisis memperlihatkan bahwa pematangan dan penyalutan kitosan tidak mengubah komposisi dan distribusi bakteri pada buah pisang, namun pematangan akan tetap memunculkan adanya perubahan ekspresi gen diferensial terkait respon stress sebagai bentuk adaptasi bakteri.