Perpustakaan Digital ITB

Protein L adalah protein imunoglobulin yang telah diketahui memiliki substruktur yang rigid dari hasil uji tarik dengan atomic force microscope (AFM). Akan tetapi dari eksperimen ini lokasi substruktur tersebut belum diketahui. Penelitian ini bertujuan menentukan lokasi substruktur rigid pada protein L melalui penelaahan mekanisme pemodelan uji tarik secara in silico dengan metode simulasi steered molecular dynamics (SMD). Pada simulasi ini, uji tarik dilakukan dengan cara menarik protein dengan kecepatan tetap (0,5 Å/ps dan 0,1 Å/ps) dan gaya tetap (750 pN dan 600 pN). Dari hasil penelaahan mekanisme uji tarik yang dilakukan dengan kedua metode di atas, diketahui bahwa substruktur rigid protein L terletak pada untai ? paralel. Untai ? paralel ini memerlukan gaya tarik yang paling besar untuk merusak struktur bila dibandingkan dengan bagian substruktur lainya. Keberhasilan simulasi ini dalam mendeteksi keberadaan substruktur rigid ini sesuai dengan hasil eksperimen. Simulasi ini juga memberikan informasi detil tentang mekanisme proses pembentangan rantai yang memungkinkan kita untuk mengetahui interaksi penstabil dari substruktur rigid tersebut, yaitu adanya cluster ikatan hidrogen dalam untai beta paralel.