Perpustakaan Digital ITB

Deteksi merupakan salah satu kunci pengendalian penyebaran virus pada kondisi Pandemi COVID-19. Diagnostik kolorimetri aptasensor berbasis nanopartikel emas banyak digunakan sebagai alat nanosensor karena kesederhanaan konsep pendeteksiannya, juga sangat sensitif dalam mendeteksi molekul target. Aptasensor yang digunakan pada penelitian ini, dikembangkan untuk mendeteksi keberadaan analit RNA SARS-CoV-2. Aptamer akan mengikat RNA target, menyebabkan nanopartikel mengalami agregasi pada kondisi garam yang tinggi, yang ditandai dengan perubahan warna larutan nanopartikel yang semula berwarna merah menjadi ungu. Pengembangan aptasensor ini memiliki potensi yang menjanjikan dan dapat dimanfaatkan sebagai alternatif dalam menanggulangi kejadian luar biasa seperti pandemi di masa yang akan datang. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan kolorimetri aptasensor berbasis nanopartikel emas dengan aptamer yang didesain dari area lestari genome SARS-CoV-2 untuk mendeteksi keberadaan analit RNA SARS-CoV-2. Secara umum, alur penelitian dibagi menjadi dua tahap utama yaitu analisis in silico dan ekperimen wet lab. Analisis in silico dilakukan dengan mendesain sekuens aptamer pada bagian 3’ UTR, melakukan analisis struktur sekunder dan tersier, serta analisis interaksi aptamer-target. Pada penelitian ini, raw material yang digunakan adalah AuNP Sigma Aldrich berukuran 5 nm (n=3), larutan NaCl (0-7M), larutan aptamer (0-5 uM), kontrol positif (sekuens lestari 3’UTR), kontrol negatif (larutan NFW), dan sampel (RNA hasil ekstraksi). Intensitas perubahan warna pada larutan diukur menggunakan spektrofotometer UV-Vis. Aptamer yang didesain dapat membentuk ikatan yang stabil terhadap target berdasarkan pemodelan interaksi dengan molecular docking dengan nilai binding free energy adalah 51.6 Kcal/mol. Batas deteksi dari kolorimetri aptasensor adalah 22.46 ng/uL, yang didapatkan setelah berhasil melakukan optimasi kondisi pengujian konsentrasi aptamer (1 uM), volume AuNP (350 uL), konsentrasi NaCl (5 M) dan waktu inkubasi aptamer-target (60 menit). Penelitian ini berhasil mengembangkan aptasensor yang dapat mendeteksi keberadaan analit RNA SARS-CoV-2 pada rentang nilai CT 11,22 - 30,9