digilib@itb.ac.id +62 812 2508 8800

KAJIAN IN SILICO PERANCANGAN PRIMER DAN PROBE DALAM DETEKSI DNA BABI PADA PRODUK FARMASI DENGAN QUANTITATIVE PCR

Penulis : Shallya Berliana Nur Rifa [10718095]
Kontributor / Dosen Pembimbing :
  • Apt. Dr. rer. nat. Catur Riani, S.Si., M.Si.
  • apt. Anindyajati, S.Farm., M.Si.
Jenis Koleksi : Tugas Akhir
Penerbit : Sains dan Teknologi Farmasi
Fakultas : Sekolah Farmasi
Subjek :
Kata Kunci : halal, deteksi DNA babi, perancangan primer, spesifisitas, qPCR
Sumber :
Staf Input/Edit : yana mulyana  
File : 1 file
Tanggal Input : 27 Jan 2023

ABSTRAK Shallya Berliana Nur Rifa
PUBLIC yana mulyana

Parameter sensitivitas dan spesifisitas menjadi aspek yang penting dalam deteksi kandungan babi dalam sediaan farmasi karena status kehalalan sediaan farmasi bersifat mutlak. Syarat sediaan farmasi halal salah satunya adalah tidak mengandung sedikit pun kandungan babi, baik bagian utuh maupun senyawa turunannya. Maka dari itu diperlukan metode sensitif dan spesifik yang dapat mendeteksi kandungan babi dari spesies mana pun dalam jumlah yang sangat kecil. Metode quantitative PCR (qPCR) adalah salah satu metode yang umum digunakan untuk mendeteksi DNA babi pada sediaan farmasi karena sensitivitas dan spesifisitasnya. Spesifisitas qPCR salah satunya dapat ditingkatkan dengan penggunaan rancangan primer dan probe yang sesuai. Penelitian ini bertujuan untuk menghasilkan rancangan primer dan probe yang memiliki spesifisitas yang baik untuk deteksi DNA babi dalam sediaan farmasi melalui pemeriksaan karakteristik, penempelan, homologi silang, dan spesifisitas. Pada penelitian ini telah dilakukan perancangan 3 kandidat primer dan probe dengan menarget urutan gen CYTB dari DNA mitokondria Sus scrofa. Ketiga kandidat dievaluasi berdasarkan karakteristik, kemampuan penempelan, homologi silang, dan spesifisitasnya. Evaluasi ini juga dilakukan terhadap primer dan probe ISO/TS 20224-3 (ISO) dan kit EasyFast™ #EFPig100 (kit) sebagai perbandingan. Berdasarkan hasil evaluasi, kandidat primer dan probe terbaik adalah forward primer 2 (5’ AGGAGACCCAGACAACTACA 3’), reverse primer 2 (5’ CGTAGAATAGCGTAGGCGAATAA 3’), dan probe 2 (5’ CCCAGCAAACCCACTAAACACCC 3’). Kandidat primer dan probe hasil perancangan penelitian ini dapat diujikan lebih lanjut dengan melakukan optimisasi kondisi qPCR seperti suhu annealing dan konsentrasi primer dan probe yang perlu digunakan. Perlu dilakukan evaluasi spesifisitas penempelan secara eksperimental untuk membuktikan primer dan probe menghasilkan produk yang sesuai di antaranya dengan metode melting curve, gel elektroforesis, dan sequensing. Selain itu, evaluasi spesifisitas pada target uji lain dapat diperluas pengujiannya untuk mengetahui spesifisitas primer dan probe hasil rancangan pada subjek selain S. scrofa, S. celebensis, B. taurus, O. aries, dan C. lupus.

Artikel Terkait