Sungai Wae Pesi adalah salah satu sungai di Wilayah Sungai Flores yang termasuk ke dalam Wilayah Sungai Strategis Nasional, sungai ini merupakan sungai kritis di Pulau Flores. Setiap tahunnya, saat musim hujan terjadi, sungai ini mengalami limpasan banjir karena debit yang tinggi. Selain itu, dalam aliran sungai Wae Pesi juga terjadi perbedaan pasang surut yang tinggi, dan terjadi erosi permukaan dan longsor pada bagian hulu daerah aliran sungai yang menyebabkan sedimentasi dan pendangkalan dan menyebabkan hambatan aliran pada alur Sungai Wae Pesi. Kondisi ini diperparah dengan adanya kerusakan berat pada gerusan tebing sungai yang diakibatkan oleh gerakan sungai. Pada tahun 2017, telah dilaksanakan desain alternatif pengendalian banjir di Sungai Wae Pesi, tetapi hingga saat ini masih belum diaplikasikan. Mengingat kondisi banjir yang masih sering terjadi, untuk itu diperlukan review desain alternatif pengendalian banjir di Sungai Wae Pesi berdasarkan kondisi fisik lingkungan terkini. Pekerjaan pengendalian banjir sungai melibatkan diantaranya tiga analisis penting yaitu analisis hidrologi, analisis hidrometri, dan analisis hidraulika. Dalam review desain pengendalian banjir ini dilakukan analisis hidrologi untuk penentuan debit banjir dengan metode Nakayasu, Snyder, SCS, dan ITB. Untuk analisis hidrometri berupa analisis pasang surut dengan bantuan software Delft-3D. Sedangkan untuk analisis hidraulika digunakan model hidrodinamika dengan menggunakan software HEC-RAS 6.0. Dilakukan simulasi aliran untuk kondisi steady flow 1D sebagai penentuan bankfull capacity dari sungai untuk bahan kalibrasi Q2, unsteady flow 1D untuk mengetahui tinggi muka air dan debit sungai, serta unsteady flow 2D untuk mengetahui aliran di lahan. Selanjutnya dari hasil analisis diberikan solusi alternatif pengendalian banjir yang sesuai untuk diaplikasikan di Sungai Wae Pesi berdasarkan kondisi saat ini.