Perpustakaan Digital ITB

Penyakit Coronavirus diseases 2019 (COVID-19) disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) dengan beberapa gejala seperti demam, batuk, dispnea,myalgia, dan bahkan diare. Pada kasus COVID-19 diketahui bahwa kekebalan yang didapat secara alami tidak akan sama dalam semua kasus dalam memberikan perlindungan setelah infeksi pertama, sehingga dapat terjadi kasus reinfeksi pada pasien COVID-19. Salah penyebab reinfeksi dalam COVID-19 adalah munculnya varian baru pada virus SARS-CoV 2 yang dapat berubah seiring waktu, sehingga mempengaruhi proses transmisi, tingkat keparahan, kinerja vaksin dan imunitas pasien yang terinfeksi. Selain varian SARS-CoV-2 yang semakin berkembang dan mempengaruhi tingkat keparahan COVID-19, terdapat pula beberapa laporan ko-infeksi komunitas bakteri pada pasien SARS-CoV-2. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mengetahui varian SARS-CoV-2 dan mutasi kuncinya serta mendapatkan profil komunitas bakteri dari sampel usap nasofaring dan orofaring pasien reinfeksi COVID-19 di Jawa Barat. Analisis varian virus dilakukan pada 42 sampel pasien yang terkonfirmasi positif kembali COVID-19. Analisis Whole Genome Sequencing menggunakan Oxford Nanopore Technologies (ONT) dilakukan di Laboratorium Biosafety Level-3 (BSL-3) Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) Cibinong Science Center – Botanical Garden (CSC-BG). Hasil raw data sekuensing berupa Fast5 dan FastQ dilakukan basecalling menggunakan Guppy (ONT). Selanjutnya dilakukan analisis menggunakan Nexstrain dan Pangolin untuk mengetahui varian virus yang menginfeksi pasien. Pembuatan pohon filogenetik dilakukan menggunakan IQ-Tree dan visualisasi dengan FigTree v.1.4.4. Analisis mutasi kunci dilakukan menggunakan webserver cov-glue. Kemudian untuk analisis profil kelimpahan komunitas bakteri dilakukan dengan 16S rRNA pada 9 sampel reinfeksi yang sudah didapatkan dan 9 sampel pasien tidak reinfeksi dengan usia pasien positif dalam rentang usia produktif (24-59 tahun). Analisis genom SARS-CoV-2 dilakukan menggunakan EPI2ME workflow (ONT) dan Microbiomeanalyst (microbiomeanalyst.ca) untuk visualisasi stacked bar plot, analisis diversitas alpha dan beta serta metagenomeSeq. Hasil penelitian menunjukkan bahwa varian yang ditemukan untuk keseluruhan sampel adalah varian delta dengan lineage AY.23, AY.24 dan AY.109. Selain itu sebagian besar mutasi yang terjadi pada sampel reinfeksi adalah NSP3_V220A ;S_T676I ;ORF7a_V82A dan ORF7a_T120I. Hasil analisis alpha diversity dan beta diversity menunjukkan tingkat diversitas yang tidak berbeda signifikan pada kelompok pasien reinfeksi maupun pasien COVID-19 tidak reinfeksi. Hasil metagenomseq menunjukkan bahwa Haemophilus parainfluenzae, Fusobacterium periodonticum, Fusobacterium nucleatum, dan Leptotrichia buccalis memiliki nilai kelimpahan yang meningkat secara signifikan (p<0,05) berdasarkan kategori pasien reinfeksi, sedangkan jika berdasarkan kategori umur menunjukkan bahwa terdapat beberapa spesies yaitu Haemophilus influenzae, Streptococcus mitis, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pseudopneumoniae dan Prevotella denticola meningkat secara signifikan pada kategori umur 35 – 60 tahun. Maka dari penelitian ini dapat disimpulkan bahwa tidak ada perbedaan varian SARS-CoV-2 yang menginfeksi pasien reinfeksi maupun tidak reinfeksi, namun terdapat perbedaan kelimpahan komunitas bakteri yang ditemukan pada kategori pasien tersebut.