Perpustakaan Digital ITB

Cu,Zn superoksida dismutase Citrus limon (SOD_Cl) merupakan antioksidan dan berpotensi menjadi agen terapeutik untuk mengatasi kondisi stres oksidatif. SOD_Cl stabil pada rentang pH yang lebar dan tahan terhadap proteolisis enzim tripsin dan kimotripsin sehingga dapat menjadi kandidat protein terapeutik untuk penghantaran per oral maupun topikal. SOD_Cl aktif dalam bentuk monomer dan dimer, dengan dimer memiliki aktivitas 65% lebih tinggi dibandingkan bentuk monomernya. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari hubungan dimerisasi dan aktivitas serta ketahanan terhadap proteolisis tripsin dan kimotripsin secara in silico. Analisis interaksi residu disekitar sisi aktif dan residu di antarmuka dimer dilakukan menggunakan program Coot dan SpotOn. Ketahanan struktur SOD_Cl terhadap proteolisis diprediksi dari nilai Solvent Accessible Surface Area (SASA), B-factor, dan struktur sekunder situs pemotongan protease. Hasil menunjukkan bahwa geometri sisi aktif distabilkan oleh residu asam amino Gly43, Gly60, Gly81, Gly123, Gly140, dan Gly137. Interaksi di antarmuka dimer SOD_Cl dibentuk oleh ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik. Residu di antarmuka dimer diprediksi bukan merupakan bagian sisi aktif SOD_Cl. Interaksi hidrofobik pada antarmuka dimer mempengaruhi geometri sisi aktif agar optimal dan menjaga stabilitas enzim. Pada SOD_Cl terdapat 9 situs pemotongan tripsin dan 23 situs pemotongan kimotripsin. Struktur SOD_Cl tahan terhadap proteolisis tripsin dan kimotripsin karena aksesibilitas ke situs pemotongan dan fleksibilitas struktur yang rendah.