Perpustakaan Digital ITB

Penelitian untuk mencari antivirus SARS-CoV-2 yang mentarget protein esensial seperti Mpro masih terus dilakukan dalam upaya mengatasi pandemi COVID-19. Di sisi lain, Indonesia memiliki diversitas tumbuhan obat yang tinggi, salah satunya terdapat tumbuhan Garuga spp. Tumbuhan ini diketahui mengandung senyawa bahan alam dengan aktivitas antivirus, tetapi untuk kasus COVID-19 masih perlu pengujian. Studi yang dilakukan bertujuan untuk menguji aktivitas senyawa kandidat inhibitor Mpro asal Garuga spp. dengan metode dimerization-based screening system (DBSS) di Escherichia coli BL21 (DE3) dan molecular docking. Konstruk terdiri atas domain pengikatan DNA protein AraC yang difusikan dengan Mpro sebagai regulator ekspresi gen pelapor emGFP. Gen target pada transforman berhasil dikonfirmasi dengan PCR dan terdapat insert lengkap berukuran ~2.610 pb. Pengurutan basa menunjukkan kesamaan dan identitas 100% antara konstruk yang digunakan dan yang dirancang sebelumnya. Ekspresi protein fusi berukuran ~47,5 kDa berhasil dikonfirmasi melalui SDS-PAGE. Aktivitas sistem DBSS dan penapisan empat senyawa menunjukkan garuganin I dan garuganin II berpotensi sebagai inhibitor dimerisasi Mpro karena pendarannya berbeda (p < 0,05) pada rentang konsentrasi 2 – 8 ppm apabila dibandingkan dengan kultur tanpa perlakuan senyawa. Analisis molecular docking juga menunjukkan interaksi dengan residu asam amino dimerisasi dan afinitas pengikatan yang potensial pada kedua senyawa tersebut. Dari penelitian ini disimpulkan garuganin I dan garuganin II menunjukkan potensi penghambatan dimerisasi Mpro serta diharapkan mendorong perkembangan penelitian pencarian obat dengan menggunakan senyawa bahan alam asal Indonesia ke depannya.