Perpustakaan Digital ITB

SARS-CoV-2 telah menimbulkan pandemi yang menjadi urgensi global. Kasus infeksi meningkat secara eksponensial setiap harinya. Kendati demikian, belum ada obat ampuh yang dapat digunakan sebagai penanganan kuratif. Salah satu pendekatan yang dapat diterapkan dalam pencarian kandidat obat adalah skrining virtual beberapa obat antiviral yang diduga dapat menginhibisi Mpro SARS-CoV-2. Berdasarkan pencarian pada basis data DrugBank (https://go.drugbank.com/), didapatkan 53 senyawa obat antiviral terkait influenza, human immunodeficiency virus (HIV), dan severe acute respiratory syndrome (SARS). Parameter optimal molecular docking senyawa-senyawa tersebut diperoleh melalui proses redocking ligan sintetis N3 terhadap struktur awal Mpro (PDB ID: 6LU7). Afinitas terbaik diberikan oleh bictegravir (obat anti-HIV), yaitu sebesar -9,5 kkal/mol. Kompleks Mpro dengan bictegravir dalam keadaan dimer diminimisasi dan diekuilibrasi pada 310 K serta 1 bar untuk disimulasikan selama 100 ns. Sebagai pembanding, simulasi dinamika molekul juga dilakukan terhadap zidovudine (afinitas sebesar -6,7 kkal/mol) dan asam valproat (afinitas sebesar -4,2 kkal/mol). Hasil menunjukkan bahwa bictegravir stabil berada dalam sisi aktif Mpro dengan energi pengikatan sebesar -58,00 ± 8,50 kkal/2 mol, sementara zidovudine dan asam valproat dapat terlepas keluar. Hal ini disebabkan oleh adanya pergerakan loop pada sisi aktif serta keberadaan interaksi dengan residu 25 dan 27. Bictegravir memiliki potensi besar dalam mengintervensi siklus hidup SARS-CoV-2 sehingga sebaiknya uji klinis segera dilakukan. Penelitian ini juga menunjukkan residu yang berperan penting adalah T25, L27, H41, M49, N142, G143, S144, C145, E166, dan Q189. M49 dan Q189 akan membantu pemasukkan ligan. T25, L27, dan H41 menstabilkan ligan secara hidrofobik. Residu 142 hingga 145 membentuk ikatan hidrogen berganti- gantian. E166 berperan dalam ikatan hidrogen maupun elektrostatik. Desain inhibitor diharapkan memperhatikan interaksi-interaksi tersebut.