Indonesia merupakan produsen kopi terbesar keempat dunia setelah Brasil, Vietnam
dan Kolombia dengan menyumbang sekitar 7% dari total produksi dunia. Produksi
kopi di Indonesia lebih didominasi oleh jenis Robusta yaitu sekitar 72% sedangkan
27% sisanya adalah Arabika. Namun demikian kopi Robusta yang dihasilkan
umumnya memiliki nilai cupping yang lebih rendah daripada kopi Arabika. Kualitas
kopi dipengaruhi oleh berbagai hal, termasuk mikroorganisme yang terlibat dalam
proses fermentasi kopi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kelimpahan bakteri
dan ragi dari ceri kopi Robusta yang berasal dari beberapa daerah di Jawa Barat, yaitu
daerah Subang, Bogor dan Ciamis. Berbagai kajian menunjukkan sumber
mikroorganisme utama dalam proses pascapanen kopi merupakan mikroba alami
yang berasal dari ceri kopi. Oleh sebab itu, kajian ini mengisolasi mikroba dari ceri
kopi segar, dan selanjutnya mengukur kelimpahan kelompok bakteri bakteri dan ragi.
Pengukuran kelimpahan dan isolasi mikroba dilakukan dengan menumbuhkan
mikroba pada media NA, PDA, YGCA, R2A, MRSA, dan Actinomycetes Isolation
Agar mengikuti metode SP-SDS (single plate-serial dilution spotting), dilanjutkan
dengan purifikasi mengikuti metode four-way streak plate. Isolat tunggal
dikarakterisasi secara makroskopis dan mikroskopis serta diidentifikasi dengan
MALDI-TOF MS. Kelimpahan mikroba ceri kopi segar yang berasal dari Subang,
Bogor dan Ciamis pada media NA, YGCA, PDA, R2A, MRSA, dan Actinomycetes
Isolation Agar secara berturut-turut, yaitu 9,42x106 CFU/g, 1,12x105 CFU/g,
6,89x106 CFU/g, 7,50x106 CFU/g, 1,98x105 CFU/g, 3,06x106 CFU/g; 3,90x105
CFU/g, 1,07x105 CFU/g, 1,03x103 CFU/g, 4,08x105 CFU/g, 8,00x104 CFU/g,
1,69x105 CFU/g; 1,05x103 CFU/g, 4,08x102 CFU/g, 8,96x102 CFU/g, 1,04x103
CFU/g, 1,03x103 CFU/g, 3,63x102 CFU/g. Isolasi dengan menumbuhkan mikroba
pada berbagai media di atas, mendapatkan isolat bakteri dan ragi dari ceri kopi
Robusta Subang, Bogor, dan Ciamis secara berurutan yaitu 9 isolat bakteri (8 Gram
positif dan 3 Gram negatif) dan 1 isolat ragi; 6 isolat bakteri Gram positif dan 2 isolat
iv
ragi; 8 isolat bakteri (5 Gram positif dan 3 Gram negatif) dan 1 isolat ragi. Tahap
penelitian berikutnya adalah penentuan diversitas mikroba dengan menggunakan
indeks Shannon, Gini–Simpson’s, dan kemerataan. Nilai indeks Shannon, Gini–
Simpson’s, dan kemerataan dari Robusta Subang secara berurutan yaitu yaitu 1,934,
0,841 dan 0,839; Robusta Bogor yaitu 2,015, 0,859 dan 0,969; Rosbuta Ciamis yaitu
1,755, 0,813 dan 0,798. Karakterisasi dengan MALDI-TOF berhasil mengidentifikasi
8 jenis isolat berbeda dari Subang yaitu Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae,
Serratia marcescens, Micrococcus luteus, Klebsiella aerogenes, Enterobacter
hormaechei, Klebsiella variicola, Candida krusei; 4 isolat berbeda dari Bogor yaitu
Streptococcus gallolyticus, Moraxella osloensis, Enterobacter cloacae, Kloeckera
apiculata; 4 isolat berbeda dari Ciamis yaitu Klebsiella oxytoca, Bacillus cereus,
Micrococcus luteus, Kloeckera apiculata. Penelitian ini menunjukkan bahwa terdapat
keragaman diversitas dan kelimpahan mikroba pada ceri kopi Robusta yang diisolasi
dari daerah Subang, Bogor dan Ciamis.