Satelit merupakan salah satu alat yang digunakan untuk mendeteksi konsentrasi klorofil. Di beberapa perairan pantai, terdapat perbedaan yang jelas, dimana produk dari konsentrasi klorofil standar MODIS terganggu oleh bahan organik terlarut berwarna (CDOM). Dengan memanfaatkan pendekatan fluoresens yang dimiliki oleh fitoplankton diharapkan dapat merepresentasikan konsentrasi klorofil di dekat pantai dengan lebih akurat. Data diperoleh dari satelit Aqua MODIS Level 2 tahun 2016-2020 yang terdiri dari MODIS klorofil, data fluoresensi MODIS, data curah hujan, dan data observasi perairan Cirebon yang diambil pada tanggal 6 september 2020 dan juga data observasi daerah lain sebagai data tambahan. Hasil perbandingan konsentrasi klor-flh dan data observasi perairan case II (Cirebon dan Delta Mahakam) menghasilkan deteksi yang lebih akurat jika dibandingkan dengan klor-mod, dengan rata-rata error untuk klor-flh (23%) dan klor-mod (125%). Konsentrasi klorofil-a di Perairan Indonesia memiliki nilai yang tinggi di daerah case II (dekat pantai dan muara) di sepanjang tahun. Konsentrasi rata-rata klorofil-a pada musim timur (JJA) adalah 2,71 mg/m³ dan merupakan yang tertinggi dibandingkan musim yang lain diakibatkan adanya fenomena upwelling di Selatan Jawa hingga Nusa Tenggara Timur dan bagian Barat Sumatera, lalu fenomena ENSO juga mempengaruhi curah hujan di Indonesia secara keseluruhan yang berdampak pada kenaikan konsentrasi klorofil-a dengan perbedaan nilai konsentrasi klor-mod dan klor-flh di muara sungai diakibatkan oleh tingginya konsentrasi CDOM.