ABSTRAK Agust Leo Fany Siregar
PUBLIC Alice Diniarti
COVER Agust Leo Fany Siregar
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
BAB 1 Agust Leo Fany Siregar
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
BAB 2 Agust Leo Fany Siregar
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
BAB 3 Agust Leo Fany Siregar
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
BAB 4 Agust Leo Fany Siregar
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
BAB 5 Agust Leo Fany Siregar
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
PUSTAKA Agust Leo Fany Siregar
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Alice Diniarti
» Gedung UPT Perpustakaan
Pandemi COVID-19 yang disebabkan oleh virus SARS-CoV2 telah mengakibatkan
terganggunya stabilitas ekonomi dan sosial masyarakat di seluruh dunia, hingga april 2021
telah tercatat sekitar 149 juta kasus positif dan 3,1 juta kasus kematian akibat infeksi virus
SARS CoV-2. Salah satu langkah penanganan paling efektif ialah melalui vaksinasi. Protein
paku (Spike/S) bertanggungjawab dalam proses infeksi virus terhadap sel inang dan protein
Non-structural (NSP3) berperan dalam pemrosesan poliprotein virus diprediksi memiliki
antigenisitas yang tinggi dan berpotensi dijadikan sebagai antigen dalam pengembangan vaksin
COVID-19. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan desain kandidat vaksin multi-epitop
COVID-19 dari protein S dan NSP3 virus SARS-CoV2 melalui pendekatan Reverse
vaccinology. Epitop Cytotoxic T Lymphocyte (CTL), Helper T Lymphocyte (HTL) dan Linear
B Lymphocyte (LBL) diprediksi menggunakan server NetCTL1.2, NetHCIIPan4.0 dan
BepiPred2.0 secara berturut-turut. Seluruh epitop terpilih dan adjuvant kemudian digabungkan
menggunakan linker membentuk konstruk vaksin multi-epitop. Model struktur 3D konstruk
vaksin diprediksi menggunakan trRosetta dan dilakukan analisis molecular docking dengan
TLR dan MHC menggunakan ClusPro2.0 dan GalaxyPepDock1.0. Selanjutnya, optimasi
kodon dan in-silico cloning konstruk vaksin ke dalam vektor ekspresi pET23(+) dilakukan
menggunakan Jcat1.0 dan SnapGeneĀ® software. Desain vaksin multi-epitop yang dibuat terdiri
atas 4 epitop CTL, 4 epitop HTL, 3 epitop LBL dan adjuvant berupa Cholera Toxin B. Analisis
Ramachandran, Z-score dan ERRAT-score menunjukkan hasil sebesar 90,6%, -6,00 dan 73,52
secara berturut-turut yang merupakan kualitas model struktur 3D kandidat vaksin yang baik.
Analisis molecular docking menunjukkan bahwa interaksi antara desain vaksin dengan
TLR1/2, epitop CTL dengan MHC I dan epitop HTL dengan MHC II dapat berlangsung secara
spontan (energetically feasible). Kemudian, hasil optimasi kodon dan in-silico cloning
menunjukkan bahwa desain vaksin dapat diekspresikan secara efektif menggunakan sistem
ekspresi E.coli BL21(DE3) dengan CAI score 0,96. Secara keseluruhan, desain vaksin multiepitop
dari protein S dan NSP3 diprediksi mampu menginduksi respon imun baik humoral
maupun seluler sehingga berpotensi digunakan sebagai kandidat vaksin untuk mengatasi
pandemi COVID-19.