Perpustakaan Digital ITB

Sejak kasus pertama dilaporkan terjadi pada bulan Maret 2020, pandemi Covid-19 di Indonesia telah berlangsung selama satu tahun. Dalam penanganan pandemi Covid-19, analisis genom SARS-CoV-2 penting dilakukan untuk memberikan gambaran mengenai karakteristik virus yang beredar, sehingga kebijakan yang tepat dapat diambil. Namun, hingga saat ini analisis genom SARS-CoV-2 isolat Indonesia belum dilakukan. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan analisis genom SARS-CoV-2 isolat Indonesia yang terdapat di basis data GISAID pada rentang bulan Maret 2020 hingga Februari 2021. Analisis statistik dilakukan untuk melihat distribusi sampel, distribusi varian, dan distribusi mutasi. Selanjutnya, dilakukan penentuan mutasi hotspot pada SARS-CoV-2 isolat Indonesia. Pemodelan struktur tiga-dimensi protein dilakukan dengan C-I-TASSER. Pengaruh mutasi hotspot terhadap kestabilan struktur protein diprediksi dengan FoldX, I-Mutant 3.0, dan mCSM, sedangkan terhadap fungsi protein dengan PROVEAN, PhD-SNP, dan SIFT. Hingga 4 Maret 2021, terdapat 502 sekuens genom SARS-CoV-2 isolat Indonesia dan sebanyak 404 sekuens memenuhi kriteria untuk dianalisis lebih lanjut. Dari sampel tersebut, lebih dari 86% sampel berasal dari Pulau Jawa. Profil varian SARS-CoV-2 yang bersirkulasi di Indonesia mengalami pergeseran seiring waktu. Pada awal pandemi, Indonesia didominasi oleh varian SARS-CoV-2 dari klad L, tetapi saat ini didominasi oleh klad GH. Pada sampel SARS-CoV-2 isolat Indonesia, terdapat 8 mutasi hotspot (mutasi dengan frekuensi kemunculan >10%) yang tersebar pada gen S, N, NSP3, NSP12, dan ORF3a. Dari kedelapan mutasi hotspot tersebut, 5 mutasi diprediksi memberikan pengaruh yang signifikan pada kestabilan struktur protein (??G>0,05 kkal/mol) dan 2 di antaranya, yaitu mutasi Q57H (ORF3a) dan P227L (NSP12), diprediksi turut mempengaruhi fungsi protein secara signifikan. Selain itu, kombinasi mutasi hotspot R203K/G204R (N) dan P227L/P323L (NSP12) juga diprediksi mempengaruhi kestabilan struktur dan fungsi protein secara signifikan. Secara keseluruhan, penelitian ini menunjukkan distribusi SARS-CoV-2 di Indonesia selama satu tahun terakhir dan pengaruh dari mutasi hotspot yang ditemukan terhadap karakteristik virus tersebut. Informasi yang diperoleh pada penelitian ini diharapkan dapat menjadi referensi dalam pengambilan kebijakan terkait penanganan pandemi Covid-19 di Indonesia.