Perpustakaan Digital ITB

SARS-CoV-2 merupakan virus yang menyerang saluran pernafasan dan bertanggung jawab atas pandemi COVID-19. Pada awal pandemi, banyak negara termasuk Indonesia melakukan lockdown untuk mencegah SARS-CoV-2 menyebar lebih luas dan melakukan surveillance atau pengawasan terhadap SARS-CoV-2. Selama pandemi berlangsung, virus SARS-CoV-2 mengalami mutasi dan menyebabkan munculnya varian-varian baru. Pendekatan genomic surveillance SARS-CoV-2, atau pemantauan genomik dibutuhkan untuk memantau adanya pertumbuhan varian yang berbahaya atau adanya varian baru. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengembangkan genomic surveillance SARS-CoV-2 berdasarkan database genome SARS-CoV-2 yang ada di Indonesia. Pada penelitian ini, metode yang digunakan dengan pengambilan data sekuens genome SARS-CoV-2 dan metadata pasien dari GISAID, serta data kasus COVID-19 dari Satgas COVID-19 Indonesia. Analisis data genom digunakan software Augur dan Auspice (Nextstrain). Software tersebut telah dikustomisasi untuk menampilkan data tambahan dari Satgas COVID-19 Indonesia. Analisis dan visualisasi data ditampilkan secara real-time dengan alamat web http://varian.id/. Hasil analisis data ditampilkan dalam bentuk visualisasi berupa grafik frekuensi varian SARS-CoV-2 dari Januari 2020 sampai saat ini, pohon filogenetik berdasarkan mutasi yang dimiliki setiap sekuens, peta genomik yang menunjukkan banyaknya mutasi yang terjadi, dan peta geografis yang dapat disaring berdasarkan kriteria tertentu. Dengan informasi ini, dapat dilakukan analisis varian 20A/B.1.160 yang paling banyak di Indonesia untuk saat ini. Terdapat variant of concern (VOC) di Indonesia seperti B.1.1.7 atau 20I/501Y.V1 yang telah menyebar di Pulau Jawa, Sumatra, Bali, dan Kalimantan. Dapat divisualisasikan sekuensing genome SARS-CoV-2 masih terpusat di Pulau Jawa, dan tidak banyak sampel yang berasal dari pulau lainnya. Dapat disimpulkan, analisis genome surveillance SARS-CoV-2 yang divisualisasikan secara real-time dapat memberikan informasi secara lengkap kepada pengguna melalui fitur yang tersedia. Kedepannya diharapkan dapat diambil tindakan lebih lanjut untuk pengawasan dan pencegahan pandemi COVID- 19 di Indonesia.