Perpustakaan Digital ITB

Perkembangan pasar bebas berdampak pada selera terhadap produk-produk pertanian, seperti warna buah mangga. Antosianin merupakan senyawa yang bertanggung jawab dalam memberikan warna pada buah, senyawa ini diregulasi oleh gen faktor transkripsi MYB. Mutasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) daerah ekson gen MYB dapat mengubah asam amino yang mempengaruhi aktivitas enzim, mengakibatkan variasi fenotip warna buah. Penelitian ini bertujuan untuk menemukan Single Nucleotide Polymorphism (SNP) pada gen MYB dari kulit buah mangga golek, mangga arum manis, mangga manalagi, mangga cengkir, dan mangga gedong gincu. Isolasi DNA kulit buah manga dilakukan dengan menggunakan metode CTAB termodifikasi, dikuantifikasi menggunakan nanodrop (Thermo Scientific) dengan rasio A260/A280 diperoleh rata-rata kemurnian 2.12 dan rata-rata konsentrasi DNA 641.06 ng/?l. Amplifikasi gen faktor transkripsi MYB menggunakan primer degenerate menghasilkan pita paling terang berukuran 700 pb. Hasil BLAST menunjukan bahwa kelima sekuen memiliki kemiripan dengan gen MYB dari Mangifera indica Irwin dan Pistacia vera. Pembuatan pohon filogenetik dibangun menggunakan sofware MEGA-X dengan metode maximum likelihood didapatkan rekonstruksi antar spesies berdasarkan panjang garis cabang bahwa mangga dari sekuen gen faktor transkripsi MYB varietas golek, arum manis, manalagi, cengkir, dan gedong gincu memiliki kekerabatan terdekat dengan Mangifera indica Irwin. Hasil multiple sequence alignment asam amino gen faktor transkripsi MYB menunjukan adanya perbedaan basa yang mengakibatkan munculnya stop codon dari SNP 337 A?T dan SNP 338 A?G yang mempengaruhi fenotip warna kulit buah. SNP yang memunculkan stop codon dapat direkomendasikan untuk membedakan fenotip pigmentasi antosianin pada kulit buah mangga gedong gincu yang bewarna merah dengan warna kulit buah mangga yang lainnya. Adanya SNP menyebabkan prematur stop codon yang terjadi pada gen faktor transkripsi MYB dan diduga berpengaruh pada pigmentasi antosianin.