Perpustakaan Digital ITB

Berdasarkan pengujian serologi HBsAg, prevalensi penyakit hepatitis B di Indonesia mencapai 7.1% yang tergolong infeksi hepatitis B endemik tingkat moderat. Pengobatan terhadap penyakit hepatitis B dilakukan dengan cara menghambat replikasi virus yang dipantau keberhasilannya melalui tes diagnostik berbasis real-time PCR. Namun hingga saat ini, belum terdapat tes diagnostik HBV berbasis real-time PCR buatan dalam negeri. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk melakukan pengembangan tahap awal tes diagnostik berbasis real-time PCR untuk mendeteksi HBV di Indonesia. Pada penelitian ini, studi in silico dilakukan untuk menentukan daerah target amplifikasi melalui multiple sequence alignment (MSA). Sekuen primer yang mengamplifikasi daerah tersebut dirancang dengan menggunakan software SnapGeneTM dengan parameter panjang 15-30 bp, konten GC 30-80 %, dan melting temperature (Tm) diatas 55oC. Pembuatan kontrol positif dilakukan dengan mengonstruksi sekuen target pada backbone plasmid pUC57. Pengujian amplifikasi dilakukan dengan metode real-time PCR. Untuk mendapatkan konsentrasi primer terbaik, dilakukan pengujian konsentrasi primer 100, 200, dan 300 nM. Daerah target amplifikasi yang dipilih adalah daerah S dari genom HBV B3, yakni nukleotida ke-183 hingga 269. Primer yang dirancang memiliki karakteristik yang baik dan bersifat cukup lestari pada 60 sekuen genom HBV dari berbagai genotipe. Dari penelitian ini, didapatkan empat kandidat kombinasi primer untuk meminimalkan terbentuknya artefak dimer yang dapat menurunkan efisiensi uji diagnostik yaitu 100-300 nM primer forward, dan 200 nM primer reverse; serta 100 nM primer forward dan 300 nM primer reverse. Hasil real-time PCR menunjukkan bahwa primer tersebut berhasil mengamplifikasi suatu sekuen secara spesifik dengan nilai Tm mendekati prediksi in silico, yakni 80oC. Berdasarkan hasil tersebut, maka dapat disimpulkan bahwa primer yang dirancang dapat menjadi kandidat primer dalam tes diagnostik berbasis real-time PCR untuk mendeteksi penyakit hepatitis B di Indonesia.