ABSTRAK Radhinka Bagaskara
PUBLIC Alice Diniarti COVER Radhinka Bagaskara
PUBLIC Alice Diniarti BAB 1 Radhinka Bagaskara
PUBLIC Alice Diniarti BAB 2 Radhinka Bagaskara
PUBLIC Alice Diniarti BAB 3 Radhinka Bagaskara
PUBLIC Alice Diniarti BAB 4 Radhinka Bagaskara
PUBLIC Alice Diniarti BAB 5 Radhinka Bagaskara
PUBLIC Alice Diniarti PUSTAKA Radhinka Bagaskara
PUBLIC Alice Diniarti
Simulasi Dinamika Molekular adalah sebuah metode untuk mensimulasikan
pergerakan partikel di suatu sistem. Simulasi tersebut merupakan suatu proses
komputasi yang kompleks dan performa simulasi sangat bergantung pada kom-
puter yang digunakan. Dengan demikian, dibutuhkan sebuah sistem kom-
putasi kinerja tinggi untuk mencapai efesiensi simulasi yang optimal. Salah
satu solusinya adalah dengan menggunakan komputasi paralel untuk mem-
percepat waktu simulasi. Dalam penelitian ini, digunakan API CUDA yang
dikembangkan oleh Nvidia, untuk merancang sistem simulasi dinamika moleku-
lar komputasi paralel dengan bantuan dari GPU Nvidia. Sistem yang digu-
nakan dalam simulasi ini adalah partikel-partikel gas mulia, yaitu Helium,
Neon, Argon, Krypton, Xenon, dan Radon. Interaksi antar partikel dimod-
elkan dengan menggunakan energi potensial Lennard-Jones dan perhitungan
persamaan gerak Newton menggunakan metode velocity Verlet. Sistem lalu
ditolak ukur dengan membandingkan waktu eksekusi simulasi antara pro-
gram simulasi serial, program simulasi paralel GPU dengan menggunakan
CUDA, dan program simulasi paralel CPU dengan menggunakan OpenMP.
Hasil waktu program simulasi paralel lebih cepat dibandingkan dengan pro-
gram simulasi serial.