Enzim fosfolipase B (PLB) adalah enzim kelas hidrolase yang dapat memutus rantai asil melalui dua mekanisme sekaligus terhadap substrat fosfolipid. PLB yang diproduksi oleh mikroorganisme halofilik, yaitu mikroorganisme yang mampu beradaptasi pada kondisi lingkungan dengan kadar garam dan lipid yang tinggi, memiliki potensi besar untuk dikembangkan sebagai katalis di industri, khususnya industri pangan seperti kelapa sawit dan kecap yang memerlukan enzim stabil pada kedua kondisi tersebut. Aplikasi yang luas pada bidang pangan membuat enzim PLB diperlukan dengan jumlah melimpah, sedangkan produksi enzim wild type secara masal tidak efektif dan ekonomis. Teknik DNA rekombinan merupakan jawaban untuk memenuhi keperluan tersebut. Teknologi DNA rekombinan dapat memberikan hasil produksi enzim yang melimpah dengan biaya yang lebih murah. Pada penelitian ini gen pengkode protein fosfolipase B (plb) diisolasi dan diamplifikasi dari mikroorganisme halofilik lokal, yaitu Pseudomonas stutzeri dengan teknik polymerase chain reaction (PCR). Sepasang primer telah dirancang untuk keperluan tersebut dengan urutan ATGTCCACGCTCATCCAGCCCGAT untuk primer maju dan GACTTTCTGCGCGAGCGCCTGAAATAG untuk primer balik. Adanya pita berukuran sekitar ± 960 bp pada gel agarosa hasil elektroforesis menunjukan bahwa fragmen gen plb telah berhasil diamplifikasi. Produk PCR diligasikan ke vektor kloning pGEM-T easy dan ditransformasi menghasilkan plasmid rekombinan yang digunakan untuk keperluan penjajaran. Hasil verifikasi dengan analisis retriksi menggunakan enzim EcoR I dan PCR koloni menunjukan koloni positif sebagai rekombinan plb. Penjajaran hasil penentuan urutan nukleotida menggunakan primer spesifik T7 dan SP6 menunjukan bahwa plasmid rekombinan mengandung gen plb berukuran ± 941 bp. Analisis BLASTn dari urutan gen plb menunjukan homologi sekitar 99% dengan urutan plb Lisofosfolipase Pseudomonas stutzeri A1501. Protein PLB hasil penentuan urutan nukleotida memiliki sekuens signal peptide pada urutan asam amino pada daerah sekitar asam amino nomor 1-49. Hasil analisis struktur tiga dimensi (3D) menggunakan metode pemodelan komparatif di server Swiss-model, struktur 3D protein PLB yang dimodelkan mirip dengan Monogliserida lipase (PDB id: v
3hju) sebesar 23,70%. Dari kedua analisis tersebut dapat disimpulkan bahwa gen
plb dari Pseudomonas Stutzeri BK-AB12 telah berhasil diisolasi.