digilib@itb.ac.id +62 812 2508 8800

Algoritma viterbi merupakan metode untuk menyelesaikan masalah utama dalam Model Markov Tersembunyi, yaitu menentukan daerah tersembunyi yang optimal. Algoritma tersebut memiliki beberapa kelebihan diantaranya adalah waktu penyelesaian masalah yang singkat, susunan algoritma penyelesaian yang sistematis serta hasil yang ditampilkan dari algoritma ini didasarkan pada seluruh data observasi. Akan tetapi, algoritma ini hanya dapat menampilkan hasil daerah tersembunyi yang paling optimal. Sehingga, daerah tersebunyi lainnya tidak bisa diketahui melalui algoritma ini. Sebagai contoh kasus, akan diambil data gen plasmodium falciparum CDS untuk dicari daerah tersembunyinya (exon dan intron). Untuk melakukan proses algoritma viterbi digunakan perangkat lunak MATLAB R2010a.