Tercapainya kinerja lembaga birokrasi yang lebih baik disertai dengan akuntabilitas publik merupakan hal yang penting bagi pembangunan. Upaya untuk mewujudkanya memerlukan proses pengawasan yang didukung dengan institusi pengawasan yang tepat. Sejumlah produk kebijakan telah dihasilkan, seperti Ketetapan MPR No.XI/MPR/1998 tentang Penyelenggaraan Negara yang Bersih dan Bebas dari KKN. Produk hukum tersebut menyediakan kerangka legal bagi penguatan institusi pengawasan, baik internal maupun eksternal, baik di tingkat pusat maupun di tingkat daerah.Penelitian ini berfokus pada perubahan institusi pengawasan dengan mengambil studi kasus pelaksanaan kegiatan pemeriksaan reguler tahun 2007 di Kabupaten Gunungkidul. Permasalahan yang dirumuskan adalah: bagaimana perubahan institusi pengawasan membawa implikasi pada kemampuan objek pemeriksaan untuk menerapkan prinsip-prinsip tata kelola pemerintahan yang baik?. Metode penelitian kualitatif dan Aktor-Network-Theory (ANT) digunakan dalam menganalisis data hasil pengamatan pada objek penelitian.Hasil penelitian menunjukkan bahwa kegiatan pemeriksaan dapat menimbulkan pengaruh yang berbeda terhadap kapasitas tata kelola pemerintahan daerah. Secara umum pelaksanaan pemeriksaan telah menstimulasi perkembangan kemampuan pemerintah daerah dalam menerapkan prinsip akuntabilitas publik. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa alih pengetahuan dan pembelajaran merupakan hal yang penting untuk meningkatkan kapasitas dalam menegakkan prinsip transparansi dan akuntabilitas publik. Pelaksanaan kegiatan pemeriksaan akan dapat mendorong peningkatan kinerja karena faktor ; (i) kapital sosial yang tinggi pada objek pemeriksaan, (ii) kreativitas dan daya inovasi dari pelaku pengawasan, dan (iii) kemampuan berkomunikasi pelaku pengawasan dalam menjalin interaksi dengan objek pemeriksaan. Secara keseluruhan perubahan yang terjadi pada institusi pengawasan membuka peluang bagi pelaku pengawasan untuk mengembangkan independensi, kreativitas dan kemampuan inovasinya dalam melaksanakan pemeriksaan.