Perpustakaan Digital ITB

Abstrak: Dalam analisis model filogenetik, intensitas perubahan basa sangat penting sebagai ukuran rate terjadinya evolusi. Model Markov Tersembunyi (MMT) dilibatkan dalam model filogenetik untuk kategori rate evolusi, dengan anggapan bahwa rate evolusi berbeda untuk setiap site. Di sini, rate evolusi dianggap berdistribusi gamma. Algoritma Felsenstein digunakan untuk menentukan fungsi kemungkinan dari model filogenetik. Algoritma ini identik dengan algoritma mundur pada MMT. Sedangkan algoritma Viterbi digunakan untuk mencari kategori rate yang paling optimal. Estimasi matriks transisi dari rate evolusinya dilakukan dengan algoritma Baum Welch dengan melibatkan fungsi otokorelasi dari kategori rate untuk site yang berdekatan.