Perpustakaan Digital ITB

Pandemi COVID-19 disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) telah mengakibatkan 486.761.597 kasus dan 6.142.735 kematian di seluruh dunia pada 26 Maret 2022, menurut World Health Organization (WHO). SARS-CoV-2 masuk ke dalam sel inang melalui interaksi protein Spike (Protein S) virus dengan reseptor manusia Angiotensin Converting Enzyme 2 (ACE-2). Receptor Binding Domain (RBD) dari Protein S berperan penting dalam pengikatan ACE-2. RBD dapat menginduksi respon imun untuk menghasilkan antibodi netralisasi. Oleh karena itu, RBD adalah kandidat vaksin SARS-CoV-2 yang menjanjikan untuk mencegah infeksi SARS-CoV-2. Trimer RBD dilaporkan memiliki imunogenisitas yang lebih tinggi dibandingkan dengan monomer RBD. Tujuan penelitian ini melakukan studi in silico untuk memperoleh model struktur fusi RBD dan domain foldon dari T4 fibritin bakteriofaga, serta mengkonstruksi plasmid rekombinan yang mengandung gen pengkode RBD-Foldon dan mengeskpresikan plasmid rekombinan RBD-Foldon di dalam Escherichia coli BL21(DE3). Pemodelan trimer RBD-Foldon menggunakan server Alphafold2 menghasilkan model yang berkualitas baik yang ditunjukkan oleh parameter Predicted Local Distance Different Tet (plDDT) dan Predicted Aligned Error (pAE). Plasmid rekombinan pET16b-RBD-Foldon telah dikonstruksi dan diverifikasi dengan PCR koloni, analisis enzim restriksi, dan analisis urutan nukleotida. Analisis SDS-PAGE menunjukkan bahwa RBD-Foldon diekspresikan sebagai monomer dengan massa molekul ~26 kDa dalam E. coli BL21(DE3). Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk menemukan kondisi optimum yang memungkinkan terbentuknya trimer RBD-Foldon.