Perpustakaan Digital ITB

Demam berdarah (DB) atau Dengue merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus dengue (DENV) yang dibawa oleh nyamuk Aedes aegypti dan Aedes albopictus. Dengue bersifat endemik di Indonesia di mana wabah dengue terjadi secara rutin dan tingkat insidensinya cenderung meningkat setiap tahunnya. Deteksi dini secara akurat dan cepat merupakan kunci penting penanganan wabah dengue. Namun hingga kini, tes diagnostik dengue yang dikembangkan berdasarkan sekuens DENV endemik Indonesia belum tersedia. Oleh karena itu, diperlukan pengembangan suatu tes diagnostik dengue berbasis SYBR Green Real-Time PCR untuk menyelesaikan masalah tersebut. Rancangan tes diagnostik tersebut telah dikembangkan pada penelitian sebelumnya tetapi karakterisasi pada rancangan tes diagnostik tersebut belum dilakukan. Dengan demikian, penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengkarakterisasi rancangan tes diagnostik tersebut. Digunakan kontrol positif berupa plasmid pUC57 yang mengandung fragmen genom virus dengue yang telah dirancang pada penelitian sebelumnya. Pada penelitian ini, kontrol positif yang akan digunakan diperbanyak pada E. coli DH5? dan dikonfirmasi melalui analisis sekuensing. Penentuan linearitas kurva standar rRT-PCR, limit kuantifikasi (LOQ), dan limit deteksi (LOD) dilakukan dengan 2 kit rRT-PCR komersial, yaitu SensiFast™ SYBR® Lo-Rox (Bioline) dan QuantiTect® SYBR® Green RT-PCR (Qiagen). Pengujian linearitas kurva standar dilakukan menggunakan kontrol positif dengan rentang konsentrasi 1,01×104 - 1,01 ×107 kopi/mL dengan 3 replikasi uji pada setiap konsentrasi teruji. Penentuan LOQ dan LOD untuk setiap kit rRT-PCR dilakukan dengan pengujian pada kontrol positif pada rentang konsentrasi 1,01×103 - 1,01×104 kopi/mL dengan 10 kali replikasi uji pada setiap konsentrasi teruji. Validasi tes diagnostik yang telah dirancang dilakukan menggunakan 16 spesimen klinis pasien suspek dengue yang teruji melalui tes diagnostik cepat berbasis IgG/IgM dengue dan antigen NS1 dengue. Pada penelitian ini, kontrol positif tes diagnostik berhasil diperbanyak dalam E. coli DH5? dan terkonfirmasi melalui analisis sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan tes diagnostik yang dirancang memiliki linearitas kurva standar yang baik pada kedua kit rRT-PCR yang digunakan, yaitu slope = -3,1996 dan R2 = 0,997 untuk QuantiTect® serta slope = -3,4472 dan R2 = 0,9959 untuk SensiFast™. Nilai LOQ dan LOD dari tes diagnostik yang dikembangkan berhasil ditentukan, yaitu LOQ = 10.107 kopi/mL dan LOD = 10.107 kopi/mL masing-masing sama untuk kedua kit. Tes diagnostik yang telah dirancang juga dapat mendeteksi RNA DENV pada spesimen klinis yang positif dengue dengan konkordansi yang sangat tinggi dengan metode deteksi antigen NS1. Berdasarkan hasil penelitian tersebut, dapat disimpulkan bahwa rancangan tes diagnostik dengue yang telah dikembangkan berhasil terkarakterisasi dan dapat digunakan sebagai kandidat tes diagnostik dengue di Indonesia.