Perpustakaan Digital ITB

Abstrak: Suatu rujukan baku yang baik untuk urutan mtDNA manusia dengan tingkat polimorfisme yang tinggi sangat penting untuk mempelajari varian nukleotida genom mitokondria, baik untuk kondisi normal ataupun yang berhubungan dengan suatu penyakit. Namun data rujukan yang telah dipublikasi diperoleh dari urutan mtDNA manusia dengan asal usul Cauca.sia. Atas dasar adanya pengamatan bahwa terdapat polimorfisme pada mtDNA manusia Indonesia, penelitian ini secara umum bertujuan untuk menyusun varian normal mtDNA manusia Indonesia dan produk translasi genom tersebut dan secara khusus bertujuan untuk menentukan varian normal fragmen 0,4 kb daerah D-loop mtDNA manusia lndonesia. Dalam rangka menyusun varian normal fragmen 0,4 kb D-loop mtDNA digunakan sepuluh sampel individu normal yang berasal dari Palembang, Batak, Badui, Sunda, Jawa, Bali, Bima, Banjarmasin, Gorontalo dan Ternate. DNA templat diperoleh dari basil lisis sel epitel rongga mulut kemudian diamplifikasi dengan teknik PCR menggunakan primer M 1 dan M2. Hasil PCR diligasi ke vektor T-pMOSB/ue dan diklon dalam sel inang E. co/i MOSB/ue. Sekuensing fragmen 0,4 kb daerah D-loop mtDNA dilakukan dengan metoda dideoksi Sanger menggunakan Dye termina[ur. Hasil proses PCR menunjukkan satu pita DNA pada gel agaros dengan ukuran 0,4 kb. Pada penelitian ini juga telah diperoleh 49 koloni putih yang mengandung DNA sisipan. Basil sekuensing plasmid rekombinan menunjukkan bahwa DNA sisipan mempunyai ukuran 443 pb atau 445 pb (insersi dua nukleotida). Jumlah keseluruhan nukleotida yang telah disekuensing adalah 4436 pb. Analisis hasil sekuensing menunjukkan terdapatnya polimorfisme pada fragmen 0,4 kb D-loop mtDNA. Berdasarkan perbandingan urutan nukleotida basil sekuensing dengan urutan Anderson (Cambridge sequence) ditemukan 24 variasi nukleotida (mort) pada fragmen 0,4 kb D-loop mtDNA. Dua puluh tiga dari 24 morf yang ditemukan sudah dipublikasi oleh peneliti lain. Satu variasi nukleotida (mort) yang ditemukan pada sampel Badui belum pernah dipublikasi oleh peneliti lain. Morf tersebut kemungkinan merupakan morf spesifik untuk sampel Badui, yaitu pada posisi 16.109, A pada urutan Anderson dan G pada sampel Badui.