Perpustakaan Digital ITB

Penyakit Hepatitis B (HBV) merupakan penyakit yang menyebabkan peradangan pada organ hati. Sebanyak 38 negara menyumbangkan 80% infeksi HBV di dunia, dan Indonesia merupakan salah satu negara dengan tingkat infeksi tertinggi, sebesar 7,1%. PCR serta uji serologi merupakan salah satu metode yang umum digunakan untuk diagnostik HBV. Namun, tingkat pengujian yang rendah, kesenjangan kesediaan teknologi deteksi, serta mahalnya biaya pengujian mendasari kebutuhan point of care testing (POCT) di Indonesia. Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats/Cas9-Mediated Lateral Flow Nucleic Acid Assay (CASLFA) merupakan perangkat diagnostik yang mengkombinasikan Lateral Flow Assay (LFA) dengan Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats-Cas9 (CRISPR-Cas9) untuk menghasilkan hasil diagnostik yang akurat, sensitif, cepat, dan sederhana. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain sgRNA yang dapat mendeteksi gen S HBV secara in silico dan in vitro, serta mengevaluasi interaksi sgRNA-Cas9. Desain spacer ditentukan melalui pencarian daerah lestari pada gen S HBV, kemudian dilakukan In Vitro Transcription (IVT) untuk mensinstes sgRNA. Setelah itu pembentukan kompleks sgRNA-Cas9 dikonfirmasi menggunakan Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA) dan pengenalan target dikonfirmasi menggunakan in vitro endonuclease activity assay. Hasil penelitian menunjukan bahwa spacer sgRNA dengan panjang 20 basa nukleotida memenuhi kriteria yakni memiliki nilai GC contents sebesar 42,1%; out of frame sebesar 67,8; serta tidak ditemukan mismatch 3 basa terhadap genom manusia. Hasil desain sgRNA berhasil disintesis menggunakan IVT, serta pembentukan kompleks sgRNA-Cas9 berhasil dikonfirmasi melalui EMSA. Hasil penelitian ini dapat menjadi langkah awal dalam pengembangan kit diagnostik HBV berbasis CRISPR sebagai upaya meningkatkan deteksi kasus HBV di Indonesia, sehingga infeksi dapat ditangani secara cepat dan tepat.