Perpustakaan Digital ITB

Demam Berdarah Dengue (DBD) disebabkan oleh virus dengue (DENV) yang ditularkan melalui nyamuk Aedes. Dalam beberapa tahun terakhir, kasus DBD di Indonesia terus meningkat. Hal ini menekankan perlunya metode diagnostik yang lebih efisien dan efektif. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan biosensor berbasis peptida yang dapat mendeteksi biomarker NS1 dari virus dengue. Penelitian sebelumnya oleh Putri (2023), telah mendesain peptida bernama peptida Mut 11. Peptida Mut 11 memiliki afinitas tinggi terhadap protein NS1. Penelitian lanjutan bertujuan untuk melakukan imobilisasi peptida pada substrat grafena dan carbon nanotube (CNT). Peningkatan stabilitas interaksi antara peptida dan substrat dilakukan dengan menambahkan linker 1-pyrenebutanoic acid succinimidyl ester (PBSE) pada peptida. Proses penelitian mencakup pemilihan substrat, biokonjugasi peptida dengan linker, simulasi interaksi peptida dengan substrat, dan analisis kestabilan interaksi. Simulasi dinamika molekuler menggunakan perangkat lunak GROMACS. Tahapan simulasi meliputi minimisasi energi, ekuilibrasi suhu dan tekanan, serta produksi simulasi selama 10 nanosekon. Parameter yang digunakan adalah medan gaya GROMOS54a7, sistem air SPC, serta penjagaan kondisi lingkungan pada suhu 300 K dan tekanan 1 bar. Hasil simulasi menunjukkan bahwa peptida Mut 11 tidak stabil berinteraksi dengan grafena dan CNT. Setelah dilakukan penambahan linker PBSE pada peptida Mut11, interaksi peptida dengan CNT menghasilkan nilai RMSD rata-rata 2.703 ± 0.844 nm dan radius girasi rata-rata 1.211 ± 0.115 nm. Sistem peptida terkonjugasi dan CNT tersebut menjadi sistem yang paling stabil dibandingkan sistem peptida Mut 11 dan substrat. Kesimpulan dari penelitian ini adalah biokonjugasi peptida dengan linker PBSE efektif dalam meningkatkan stabilitas interaksi peptida dengan substrat CNT. Hal tersebut menunjukkan adanya potensi pengembangan dalam biosensor berbasis peptida untuk deteksi virus dengue.