Perpustakaan Digital ITB

Stunting merupakan suatu kondisi malnutrisi yang berkaitan erat dengan ketidakseimbangan mikrobioma usus bayi. Komposisi mikrobioma usus bayi dapat dipengaruhi oleh komunitas bakteri yang terdapat dalam ASI. Beberapa bakteri tersebut membawa faktor virulensi yang dapat meningkatkan peluang terjadinya infeksi yang pada akhirnya mengganggu fungsi fisiologis usus seperti penghambatan proses penyerapan nutrisi, yang jika terjadi dalam jangka waktu yang panjang dapat mengakibatkan malnutrisi, diantaranya stunting. Saat ini, diagnosis stunting umumnya masih terbatas pada pengukuran antropometri yang mengukur tinggi dan berat badan bayi untuk dibandingkan dengan bayi seusianya. Diagnosis dengan pendekatan molekuler dapat memberikan pemahaman yang lebih holistik terkait stunting melalui analisis kondisi mikrobioma dan deteksi keberadaan faktor virulensi dalam ASI yang menjadi sumber makanan bayi. Telah dilakukan identifikasi kandidat gen virulensi dari isolat ASI Ibu dengan anak stunting, salah satunya gen pengkode protein T3SS effector (ExoS) yang umum ditemukan pada Pseudomonas aeruginosa. Protein T3SS effector mampu mengganggu aktivitas persinyalan sel sehingga mengubah struktur tight junction pada usus untuk membantu penetrasi patogen menembus sel epitel usus dan menyebabkan infeksi. Penelitian ini bertujuan untuk: (1) mengonstruksi persamaan kurva standar kuantifikasi gen exoS dengan metode qPCR; dan (2) memvalidasi hasil kuantifikasi gen exoS pada sampel ASI Ibu dengan anak stunting dan normal. Dilakukan deteksi gen exoS pada hasil ekstraksi DNA isolat murni bakteri kandidat patogen dari ASI (Enterobacter sp. dan Brevundimonas sp.) dengan metode PCR konvensional dan divisualisasikan dengan elektroforesis gel agarosa 2%. Kontrol positif yang digunakan adalah Pseudomonas aeruginosa sebagai organisme alami yang memiliki gen exoS. Penyiapan template DNA untuk pengukuran kurva standar kuantitas gen exoS dilakukan dengan kloning conserved region gen exoS ke vektor pGEM-T Easy yang diperbanyak di E. coli DH5?. Pembuatan kurva standar qPCR dilakukan dengan variasi konsentrasi yang mengandung gen exoS dari konsentrasi 101 copy number/?L sampai 1010 copy number/?L sebagai kurva standar untuk analisis qPCR menggunakan SYBR Green sebagai reporter. Kurva standar kemudian digunakan untuk menganalisis dan membandingkan jumlah copy number gen exoS pada sampel ASI dari Ibu dengan anak stunting dan normal menggunakan metode qPCR. Berdasarkan penelitian didapatkan hasil visualisasi menunjukkan gen exoS ditemukan pada empat isolat ASI Ibu dengan anak stunting. Didapatkan persamaan kurva standar kuantifikasi gen exoS y = -3.1458x + 44.676 dengan R2 = 95.52% dan efisiensi E = 107.91%. Hasil kuantifikasi dengan qPCR menunjukkan jumlah copy number gen exoS pada sampel ASI Ibu dengan bayi stunting lebih tinggi dan berbeda signifikan dibandingkan dengan sampel ASI Ibu dengan bayi normal.