
ABSTRAK Nurul Izzati Ginting
Terbatas  Irwan Sofiyan
» Gedung UPT Perpustakaan
Terbatas  Irwan Sofiyan
» Gedung UPT Perpustakaan
Patogen penyebab COVID-19 adalah SARS-CoV-2 yang dapat ditransmisikan berbentuk
droplet dan aerosol melalui sistem pernapasan atas. Mikrobioma nasofaring berperan penting
dalam melawan patogen yang masuk melalui sistem pernapasan atas. Infeksi SARS-CoV-2
menyebabkan disregulasi sistem imun sehingga terjadi disbiosis mikroba dan memperbesar
potensi terjadinya koinfeksi bakteri. Komplikasi klinis infeksi SARS-CoV-2 bergejala ringan
(Mild) adalah demam hingga anosmia sedangkan pada infeksi SARS-CoV-2 tanpa gejala
(Asymptomatic) tidak memiliki gejala konsisten. Koinfeksi bakteri dapat menambah
komplikasi klinis seperti penurunan fungsi paru-paru hingga pneumonia. Penelitian mengenai
disbiosis mikroba serta koinfeksi bakteri akibat infeksi SARS-CoV-2 di Indonesia belum
banyak dilakukan. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk menganalisis komunitas
bakteri pada sampel usap nasofaring kelompok tanpa gejala (Asymptomatic) sebanyak 3
sampel, bergejala ringan (Mild) sebanyak 5 sampel, dan individu uji virologi negatif SARSCoV-
2 sebagai kontrol (Kontrol) sebanyak 3 sampel dari Jawa Barat. Sampel usap nasofaring
diekstraksi dan selanjutnya dilakukan library preparation. Sampel tersebut kemudian
dianalisis Illumina NextSeq 550 dengan pendekatan shotgun metagenomic. Bacaan mentah
hasil sekuensing dievaluasi kualitasnya menggunakan FASTQC dan dianalisis lebih lanjut
menggunakan CUTADAPT. Selanjutnya tahap pre-processing dilakukan menggunakan
BOWTIE2 untuk menghapus sekuens Homo sapiens berdasarkan database GRCh38. Hasil
bacaan bersih digunakan untuk analisis komposisi mikroba menggunakan Kraken2 dengan
database Minikrakenv1 dan analisis fungsional mikroba menggunakan HUMAnN3 dengan
database ChocoPhlan. Selanjutnya analisis statistik dan visualisasi dilakukan menggunakan
RStudio dan Excel. Hasil analisis diversitas-???? menggunakan Indeks Shannon menunjukkan
keragaman spesies pada kelompok kontrol lebih tinggi daripada kelompok tanpa gejala dan
bergejala ringan. Perbandingan diversitas mikroba antar kelompok melalui diversitas-????
menggunakan perhitungan Bray Curtis pada Principle Coordinate Analysis (PCoA)
menunjukkan dua klaster utama yaitu klaster kelompok kontrol yang terpisah dengan
kelompok tanpa gejala dan bergejala ringan. Kelimpahan relatif genus bakteri tertinggi pada
sampel tanpa gejala maupun bergejala ringan adalah Burkholderia spp.. Perbandingan
kelimpahan tingkat spesies dianalisis lebih lanjut menggunakan DESeq2 untuk
membandingkan kelompok tanpa gejala dan bergejala ringan terhadap kelompok kontrol. Hasil
analisis DESeq2 (p-value < 0,1; LFC ± 2,0) menujukkan individu kelompok tanpa gejala
maupun bergejala ringan memiliki peningkatan paling signifikan pada kelimpahan
Burkholderia dolosa dan Pseudumonas spp. Jika dibandingkan dengan kontrol. Hasil analisis
fungsional mikroba menunjukkan peningkatan aktivitas terkait biosintesis nukleotida yang
lebih tinggi pada kelompok bergejala ringan daripada kelompok tanpa gejala (p-value < 0,5;
LFC ± 2,0). Aktivitas metabolik utilisasi etanolamin ditemukan spesifik pada kelompok
bergejala ringan. Penelitian ini dapat dimanfaatkan untuk informasi potensi ko-infeksi SARSCoV-
2 di Indonesia, meningkatkan akurasi prognosis, dan efektifitas pengobatan.