Perpustakaan Digital ITB

Patogen penyebab COVID-19 adalah SARS-CoV-2 yang dapat ditransmisikan berbentuk droplet dan aerosol melalui sistem pernapasan atas. Mikrobioma nasofaring berperan penting dalam melawan patogen yang masuk melalui sistem pernapasan atas. Infeksi SARS-CoV-2 menyebabkan disregulasi sistem imun sehingga terjadi disbiosis mikroba dan memperbesar potensi terjadinya koinfeksi bakteri. Komplikasi klinis infeksi SARS-CoV-2 bergejala ringan (Mild) adalah demam hingga anosmia sedangkan pada infeksi SARS-CoV-2 tanpa gejala (Asymptomatic) tidak memiliki gejala konsisten. Koinfeksi bakteri dapat menambah komplikasi klinis seperti penurunan fungsi paru-paru hingga pneumonia. Penelitian mengenai disbiosis mikroba serta koinfeksi bakteri akibat infeksi SARS-CoV-2 di Indonesia belum banyak dilakukan. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk menganalisis komunitas bakteri pada sampel usap nasofaring kelompok tanpa gejala (Asymptomatic) sebanyak 3 sampel, bergejala ringan (Mild) sebanyak 5 sampel, dan individu uji virologi negatif SARSCoV- 2 sebagai kontrol (Kontrol) sebanyak 3 sampel dari Jawa Barat. Sampel usap nasofaring diekstraksi dan selanjutnya dilakukan library preparation. Sampel tersebut kemudian dianalisis Illumina NextSeq 550 dengan pendekatan shotgun metagenomic. Bacaan mentah hasil sekuensing dievaluasi kualitasnya menggunakan FASTQC dan dianalisis lebih lanjut menggunakan CUTADAPT. Selanjutnya tahap pre-processing dilakukan menggunakan BOWTIE2 untuk menghapus sekuens Homo sapiens berdasarkan database GRCh38. Hasil bacaan bersih digunakan untuk analisis komposisi mikroba menggunakan Kraken2 dengan database Minikrakenv1 dan analisis fungsional mikroba menggunakan HUMAnN3 dengan database ChocoPhlan. Selanjutnya analisis statistik dan visualisasi dilakukan menggunakan RStudio dan Excel. Hasil analisis diversitas-???? menggunakan Indeks Shannon menunjukkan keragaman spesies pada kelompok kontrol lebih tinggi daripada kelompok tanpa gejala dan bergejala ringan. Perbandingan diversitas mikroba antar kelompok melalui diversitas-???? menggunakan perhitungan Bray Curtis pada Principle Coordinate Analysis (PCoA) menunjukkan dua klaster utama yaitu klaster kelompok kontrol yang terpisah dengan kelompok tanpa gejala dan bergejala ringan. Kelimpahan relatif genus bakteri tertinggi pada sampel tanpa gejala maupun bergejala ringan adalah Burkholderia spp.. Perbandingan kelimpahan tingkat spesies dianalisis lebih lanjut menggunakan DESeq2 untuk membandingkan kelompok tanpa gejala dan bergejala ringan terhadap kelompok kontrol. Hasil analisis DESeq2 (p-value < 0,1; LFC ± 2,0) menujukkan individu kelompok tanpa gejala maupun bergejala ringan memiliki peningkatan paling signifikan pada kelimpahan Burkholderia dolosa dan Pseudumonas spp. Jika dibandingkan dengan kontrol. Hasil analisis fungsional mikroba menunjukkan peningkatan aktivitas terkait biosintesis nukleotida yang lebih tinggi pada kelompok bergejala ringan daripada kelompok tanpa gejala (p-value < 0,5; LFC ± 2,0). Aktivitas metabolik utilisasi etanolamin ditemukan spesifik pada kelompok bergejala ringan. Penelitian ini dapat dimanfaatkan untuk informasi potensi ko-infeksi SARSCoV- 2 di Indonesia, meningkatkan akurasi prognosis, dan efektifitas pengobatan.