Perpustakaan Digital ITB

Mitokondria memiliki genomnya sendiri dan diwariskan melalui jalur ibu. Pada daerah D-loop DNA mitokondria (mtDNA) manusia, terdapat daerah Hypervariable Segment I (HVSI) yang memiliki tingkat polimorfisme tinggi. Fenomena heteroplasmi mtDNA manusia telah banyak dipublikasi dan diduga menyebabkan penentuan urutan daerah HVSI yang mengandung poli sitosin (poli-C) melalui metode direct sequencing tidak bisa lengkap karena tidak terbacanya urutan setelah rangkaian poli-C tersebut. Penelitian terdahulu telah berhasil menjawab masalah ini melalui proses kloning dan didapatkan hasil sekuensing lengkap daerah HVSI yang memiliki urutan poli-C. Heteroplasmi pada sampel terbukti berupa variasi panjang rangkaian poli-C dari beberapa klon yang telah disekuensing. Adapun penelitian ini bertujuan untuk membuktikan hipotesis bahwa heteroplasmi sebagai penyebab tidak terbacanya urutan nukleotida poli-C di atas melalui sekuensing campuran templat DNA klon yang mempunyai urutan poli-C berbeda dengan komposisi yang bervariasi. Penelitian ini dilakukan dengan penyiapan templat DNA dari koloni tunggal bakteri dengan bantuan metode lisis, perbanyakan dengan metode PCR, pencampuran klon DNA yang memiliki variasi panjang poli-C, sekuensing dengan metode Dideoksi Sanger dan analisis urutan nukleotida dengan program SeqmanTM versi 4.0.0. Hasil PCR yang dianalisis dengan elektroforesis gel agarosa menunjukkan satu pita DNA berukuran 0,4 kb dan melalui sekuensing diperoleh elektroforegram serta data urutan nukleotida HVSI mtDNA masing-masing klon dan hasil campuran klon. Urutan nukleotida HVSI mtDNA untuk masing-masing klon dan hasil campuran klon yang telah dianalisis terhadap Cambridge Reference Sequence (CRS) menunjukkan indikasi yang kuat bahwa heteroplasmi menjadi penyebab ketidakberhasilan direct sequencing sampel yang memiliki urutan poli-C.