Perpustakaan Digital ITB

Kondisi stunting pada anak dapat menimbulkan perubahan keseimbangan mikrobiom inti (disbiosis) sehingga mengganggu penyerapan nutrien pada usus. Next Generation Sequencing (NGS) sebagai metode standar utama dalam pembacaan urutan DNA pada sampel populasi mikroba, dapat digunakan untuk identifikasi mikrobiom inti pada usus. Pada penelitian ini, data mentah urutan DNA hasil NGS yang diperoleh dari instrumen Novaseq 6000 dengan teknologi Illumina sequencing dianalisis untuk ditentukan mikrobiom intinya menggunakan dua platform yang berbeda berdasarkan kelompok umur. Hasil yang diperoleh kemudian dibandingkan dengan penelitian di Laboratorium Bioteknologi Farmasi dan ditentukan platform yang lebih optimal untuk digunakan berdasarkan kemudahan penggunaan dan efisiensi waktu analisis. Sampel penelitian ini merupakan urutan DNA dari gen 16s rRNA bakteri yang diperoleh dari feses 21 anak sehat dan 21 anak stunting yang berasal dari Kabupaten Pidie, Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam dengan rentang usia 24-59 bulan. Sampel kemudian dikelompokkan menjadi tiga kelompok umur yaitu 24- 35, 36-47, dan 48-59 bulan. Penelitian diawali dengan proses pengolahan data mentah urutan DNA melalui empat proses utama, yaitu importing, trimming dan demultiplexing, denoising, serta analisis taksonomi. Data yang diperoleh dari analisis data mentah kemudian digunakan dalam analisis mikrobiom inti menggunakan dua platform yang berbeda, yaitu MicrobiomeAnalyst dan R Package Microbiome. Hasil analisis kedua platform kemudian dibandingkan dengan penelitian sebelumnya di Laboratorium Bioteknologi Farmasi yang menggunakan platform q2- coremicrobiome. Hasil analisis mikrobiom inti pada kedua platform yang divisualisasikan menggunakan heatmap menunjukkan perbedaan baik dari jumlah mikrobiom inti yang dihasilkan maupun variasinya pada setiap kelompok umur. Kelompok stunting secara umum memiliki diversitas bakteri pathobiont yang lebih tinggi dibandingkan kelompok sehat, yang berkorelasi dengan timbulnya inflamasi pada dinding usus besar. Hasil yang diperoleh menggunakan q2- coremicrobiome menunjukkan perbedaan dengan kedua platform pada penelitian ini dan tidak menunjukkan keberadaan genus dominan seperti Prevotella dan Bacteroides. Berdasarkan hasil penelitian ini, platform MicrobiomeAnalyst dinilai lebih optimal dibandingkan R Package Microbiome didasarkan atas kemudahan penggunaannya bagi peneliti yang belum memahami proses coding, potensi terjadinya kesalahan yang lebih kecil, dan total waktu yang lebih singkat untuk proses analisisnya.