Perpustakaan Digital ITB

Hingga saat ini, kasus pandemi COVID-19 di Indonesia yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 sejak tahun 2020 masih terus berlanjut. Ledakan kasus COVID-19 di Indonesia sempat terjadi saat varian-varian baru muncul dengan tingkat transmisi maupun infektivitas lebih tinggi. Pada Februari dan Maret 2022, provinsi Jawa Barat juga menjadi penyumbang kasus COVID-19 tertinggi per harinya. Kemunculan varian baru dengan perubahan karakteristik diakibatkan oleh berbagai mutasi yang terjadi pada genomnya dan berpotensi mengganggu respons imun serta pengembangan teknologi penanganan COVID-19. Untuk mengantisipasi hal ini, perubahan akibat mutasi penting untuk terus diawasi. Maka dari itu, dalam penelitian ini dilakukan analisis genom SARS-CoV-2 dari sampel acak pasien di Jawa Barat periode JanuariMaret 2022. Penelitian ini merupakan bagian dari penelitian besar Tim Genomik SITH ITB. Pembacaan sekuens genom lengkap SARS-CoV-2 dilakukan dengan metode sekuensing Nanopore menggunakan MinION Mk1C. Sebanyak 46 sekuens lengkap SARS-CoV-2 dari sampel milik Tim Genomik SITH ITB berhasil dibaca dan diunggah ke basis data GISAID. Analisis selanjutnya dilakukan dengan 254 sekuens tambahan yang diunduh dari GISAID sebagai data representasi pendukung. Hasil penentuan varian SARS-CoV-2 di Jawa Barat bulan Januari-Maret 2022 yang mengacu pada aturan PANGOLIN menunjukkan bahwa varian BA.1 dan BA.2 mendominasi. Subvarian BA.1.13.1 yang merupakan garis keturunan Indonesia ditemukan mendominasi subvarian lainnya. Analisis filogenetik yang dilakukan dengan pemodelan Bayesian menghasilkan klaster berbeda antara sampel varian BA.1 dan BA.2 yang berarti adanya perbedaan genetik antara keduanya. Selanjutnya, analisis keberadaan mutasi yang dilakukan menunjukkan bahwa situs mutasi non-sinonim tertinggi berada pada gen S, nsp3, dan ORF3a. Jenis mutasi dengan frekuensi tinggi juga ditemukan pada gen nsp4, nsp5, nsp12, nsp14, M, E, dan N. Ditemukan pula beberapa jenis delesi yang bersifat frameshifting pada sebagian sampel uji, tetapi konfirmasi lebih lanjut masih dibutuhkan. Beberapa perubahan ini menyebabkan peningkatan transmisi virus, penurunan respons imun, dan penurunan efikasi terapi infeksi. Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa varian SARS-CoV-2 di Jawa Barat bulan Januari-Maret 2022 didominasi oleh varian BA.1 dan BA.2 serta berbagai mutasi pada genomnya menyebabkan perubahan pada karakteristik virus. Hasil dari penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi lebih mendalam sebagai referensi penelitian terkait penanganan COVID-19 di Jawa Barat dan Indonesia