Salah satu permasalahan yang dialami terutama untuk negara berkembang seperti Indonesia adalah pemenuhan kebutuhan energi, gizi, dan pangan untuk masyarakatnya. Hal tersebut merupakan permasalahan yang sangat umum dan penting untuk diselesaikan sehingga menjadi salah satu poin penting dalam sustainable development goals (SDGs). Salah satu langkah yang dapat dilakukan dalam menuntaskan permasalahan tersebut adalah dengan menerapkannya teknologi produksi bersih dalam pengolahan suatu sumber daya. Dalam hal ini, mikroalga dapat mengambil peran besar dikarenakan potensinya sebagai agen bioremediasi limbah, pengembangan dalam sistem akuakultur, dan produksi berbagai bioproduk seperti suplemen protein, pewarna makanan, pakan ternak, hingga biodiesel. Namun, salah satu masalah yang dihadapi dalam kultivasi mikroalga pada skala industri adalah biaya operasional yang tinggi terutama untuk penyediaan medium sintetik sebagai medium tumbuh. Limbah cair perikanan dapat dijadikan suatu alternatif sebagai medium tumbuh mikroalga dikarenakan kandungan total nitrat, amonium, dan ortofosfat yang cukup tinggi untuk menunjang pertumbuhan mikroalga. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan pengaruh kultur tunggal Spirulina platensis, kultur tunggal Nannochloropsis sp., dan kultur campuran Spirulina platensis dan Nannochloropsis sp. terhadap kadar senyawa inorganik pada medium tumbuh limbah cair perikanan dengan diamatinya kandungan protein dan klorofil pada mikroalga. Pada penelitian ini kultur campuran dilakukan dengan rasio 1:1 (v/v) untuk Spirulina : Nannochloropsis dengan waktu kultivasi selama 7 hari. Perlakuan kultivasi dengan laju pertumbuhan spesifik tertinggi yaitu kultivasi Mixed 1:1 sebesar 0,331 ± 0,049 hari-1. Kandungan protein tertinggi diperoleh pada kultivasi kultur tunggal Nannochloropsis sp. sebesar 222,403 ± 50,297 mg/g biomassa basah. Variasi perlakuan dengan kandungan klorofil tertinggi diperoleh pada kultur tunggal Spirulina platensis sebesar 17,943 ± 0,341 mg/L. Persentase dan laju penurunan nitrat tertinggi diperoleh pada kultivasi kultur tunggal Spirulina platensis sebesar 21,305% dan 0,083 mg/L hari secara berurutan. Persentase penurunan amonium tertinggi diperoleh pada kultur tunggal Spirulina platensis sebesar 89,655% sementara untuk laju penurunan amonium tertinggi diperoleh pada kultur tunggal Nannochloropsis sp. sebesar 0,163 mg/L hari. Perlakuan kultur tunggal Nannochloropsis sp. memiliki persentase dan laju penurunan ortofosfat tertinggi sebesar 11,488% dan 0,143 mg/L hari.