Perpustakaan Digital ITB

Pandemi COVID-19, yang telah menelan korban ribuan orang di seluruh dunia, adalah penyakit yang disebabkan oleh coronavirus jenis baru, SARS-CoV-2. Virus ini memiliki genom RNA untai-tunggal dan membawa enzim RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) sendiri. Penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa gen pengkode enzim tersebut memiliki mutasi paling banyak jika dibandingkan dengan gen lain yang terdapat pada virus SARS-CoV-2. Namun sampai sekarang penelitian tentang variasi gen pengkode enzim RdRp di Indonesia masih sangat terbatas. Oleh karena itu, dilakukan penelitian untuk menganalisis gen RdRp dari pasien yang ada di Jawa Barat. Sampel yang dianalisis berasal dari sampel swab orofaring–nasofaring pasien COVID-19 di Laboratorium Kesehatan Provinsi Jawa Barat. RNA virus diisolasi secara manual dari hasil swab, kemudian diamplifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR), dan selanjutnya dibaca dengan metode sequencing Sanger. Pada penelitian didapatkan 10 sampel RNA, dari sampel tersebut 3 sampel disertakan dalam analisis sequencing DNA. Hasil sequencing tidak memberikan bacaan yang lengkap dari gen pengkode RdRp. Namun, untuk daerah yang berhasil terbaca, tidak ditemukan adanya mutasi. Analisis filogenetik pada bagian yang berhasil di-sequencing menunjukkan bahwa sampel tersebut mengelompok dengan human betacoronavirus lain dari Indonesia.