Perpustakaan Digital ITB

Indonesia adalah daerah kepulauan dengan area perairan yang luas, yang mencapai 70% dari total wilayahnya. Lautan Indonesia memiliki tingkat biodiversitas yang tinggi dan menjadi rumah bagi beragam organisme, salah satunya mikroalga. Mikroalga adalah makhluk hidup yang berukuran renik, berfotosintesis, dan hidup di perairan, terutama perairan tropis. Mikroalga menjadi objek penelitian yang sangat menarik dikarenakan aplikasinya yang sangat luas, mulai dari penghasil lipid bahan baku biodiesel, penghasil bahan obat-obatan, kosmetik, suplemen makanan, dan banyak senyawa bioaktif lain. Pemanfaatan mikroalga secara luas masih terkendala oleh tidak adanya basis data keragaman spesies mikroalga beserta informasi kegunaannya, oleh karena itu perlu dilakukan usaha identifikasi dan pembuatan basis data mikroalga Indonesia. Kesulitan dalam identifikasi mikroalga adalah tidak ditemukannya karakteristik morfologis yang dapat menjadi pembeda yang jelas. Identifikasi mikroalga menggunakan penanda genetik menjadi pilihan yang menarik karena lebih memungkinkan dalam membedakan mikroalga hingga tingkat genus dan spesies. Tujuan dari penelitian ini adalah: (i) mengidentifikasi sampel mikroalga laut yang berasal dari Muara Cilincing, Teluk Jakarta, Indonesia, dan (ii) menemukan kandidat penanda genetik berbasis Single Nucleotide Polymorphism (SNP) atau variasi mutasi titik di daerah gen 28s rRNA untuk identifikasi mikroalga di tingkat genus dan spesies. Pada penelitian berbasis laboratorium, dilakukan kultivasi sampel mikroalga murni dengan kode B5 yang diambil dari Muara Cilincing, Teluk Jakarta. Sel sampel mikroalga B5 kemudian diamati di bawah mikroskop cahaya untuk memperoleh informasi morfologis. Secara morfologis, sampel B5 memiliki kemiripan dengan Chaetoceros decipiens dan Chaetoceros cf. neogracilis. Pada penelitian berbasis komputasi, urutan gen penanda 28s rRNA mikroalga dikumpulkan dari berbagai basis data publik, dikelompokkan berdasarkan genus dan spesies, dan dilakukan penyejajaran di tingkat genus dan spesies menggunakan perangkat lunak ClustalW. Hasil penyejajaran dianalisis untuk menemukan SNP diagnostik yang dapat dijadikan penanda genetik. Dari penelitian ini telah berhasil ditemukan SNP diagnostik untuk 245 spesies dan 26 genus mikroalga serta penanda untuk kelompok mikroalga hijau dan merah di daerah gen 28S rRNA. SNP diagnostik penanda genus Chaetoceros, yaitu basa C pada posisi 192, dapat digunakan untuk mengkonfirmasi identitas genus sampel B5 yang secara morfologis mirip dengan genus Chaetoceros. Di tingkat spesies, SNP diagnostik dari spesies Chaetoceros decipiens dan Chaetoceros cf. neogracilis dapat digunakan untuk menentukan lebih lanjut identitas spesies dari sampel B5. Identitas Chaetoceros decipiens ditandai dengan kombinasi 3 SNP pada posisi 270 (G), 411 (del), dan 430 (C), sementara Chaetoceros cf. neogracilis dapat diidentifikasi dengan 2 alternatif SNP diagnostik tunggal, yaitu basa C pada posisi 531 atau 560.