Perpustakaan Digital ITB

Saat ini, diperkirakan 390.000.000 kasus infeksi virus dengue terjadi setiap tahunnya di seluruh dunia. Sejak Januari – September 2020, tercatat sebanyak 84.734 kasus demam berdarah dengue (DBD) terjadi di seluruh Indonesia. Indonesia merupakan salah satu daerah endemis infeksi virus dengue sehingga diperlukan suatu upaya untuk mengendalikan infeksi virus dengue di Indonesia. Salah satu upaya yang dapat dilakukan adalah melalui pengembangan alat deteksi cepat infeksi dengue berbasis antibodi. Tahapan awal pengembangan alat tersebut meliputi tahapan kloning, subkloning, dan analisis bioinformatika gen pengkode protein envelope virus dengue dengan memanfaatkan sekuens virus lokal. Protein envelope berperan dalam mekanisme infeksi dan pembentukan antibodi penetral sehingga dapat digunakan sebagai antigen pada metode deteksi infeksi dengue berbasis antibodi. Virus dengue memiliki empat serotipe, yaitu DENV-1, DENV- 2, DENV-3, dan DENV-4, di mana DENV-3 merupakan serotipe yang paling banyak ditemukan di Bandung. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memperoleh klon gen pengkode protein envelope virus dengue tipe 3 isolat Bandung, memperoleh konstruksi vektor ekspresi pPICZ?-A-DENV3-E, serta menganalisis gen envelope tersebut secara bioinformatika. Untuk memperoleh gen envelope DENV-3, maka dirancang primer spesifik untuk gen envelope DENV-3 dan dilakukan amplifikasi terhadap gen tersebut. Amplikon yang telah dipurifikasi selanjutnya diligasikan ke dalam vektor kloning pGEM-T Easy dan digunakan pada transformasi E. coli TOP10 F’ sebagai sel inang proses kloning. Berdasarkan verifikasi plasmid rekombinan menggunakan metode PCR koloni, analisis restriksi, dan sekuensing DNA, gen envelope DENV-3 telah berhasil diperoleh dengan ukuran sebesar 1173 pb. Analisis filogenetik terhadap gen envelope DENV-3 menunjukkan bahwa DENV-3 yang dianalisis termasuk ke dalam genotipe V. DENV-3 yang dianalisis memiliki tingkat kekerabatan yang tinggi dengan virus DENV-3 isolat Amerika Serikat, Filipina, dan Tiongkok. Hasil analisis komposisi asam amino menunjukkan bahwa protein hasil translasi gen E DENV-3 isolat Bandung pada penelitian ini terdiri dari 152 residu asam amino nonpolar alifatik, 25 residu asam amino nonpolar aromatik, 115 residu asam amino polar tidak bermuatan, 54 residu asam amino bermuatan positif, dan 45 residu asam amino bermuatan negatif. Hasil analisis prediksi struktur sekunder menunjukkan bahwa konformasi dominan pada protein hasil translasi gen E DENV-3 isolat Bandung pada penelitian ini berupa konformasi turn/coil dan sheet. Gen envelope DENV-3 yang telah direstriksi dari vektor pGEM-T Easy diligasikan pada vektor ekspresi pPICZ?-A sehingga diperoleh plasmid rekombinan pPICZ?-A-DENV3-E. Plasmid rekombinan dikonfirmasi menggunakan metode PCR koloni, analisis restriksi, dan sekuensing DNA. Plasmid rekombinan pPICZ?-A-DENV3-E selanjutnya dapat digunakan untuk tahapan ekspresi protein E pada ragi Pichia pastoris.