Perpustakaan Digital ITB

Human Immunodeficiency Virus (HIV) merupakan virus yang dapat mempengaruhi sistem imun manusia. Telah diketahui bahwa HIV dapat menyebabkan komplikasi pada sistem imun yang dikenal sebagai Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS). Di Indonesia, terdapat dua tipe HIV-1 yang dominan, yaitu HIV-1 sub tipe B (HIV-1B) dan circulating recombinant form (CRF) 01_AE. Pada penelitian sebelumnya, telah dikembangkan suatu metode untuk menyeleksi kandidat obat anti-HIV. Sistem ini dikenal sebagai dimer based screening system (DBSS). Sistem seleksi obat ini menggunakan prinsip penghambatan dimerisasi dari enzim protease HIV. Pada sistem tersebut, digunakan fusi antara DNA binding domain protein AraC dengan protease HIV dan gen reporter green fluorescent protein (GFP). Metode tersebut telah berhasil diaplikasikan pada HIV-1 sub tipe B, akan tetapi, sampai sekarang, sistem seleksi ini belum diaplikasikan pada HIV CRF01_AE (HIV ID). Oleh karena itu, dalam studi ini akan dilakukan optimasi untuk metode DBSS pada HIV CRF01_AE. Konfirmasi keberadaan plasmid hasil konstruksi dilakukan dengan metode polymerase chain reaction (PCR) dan DNA sequencing. Analisis hasil ekspresi protein dilakukan dengan metode sodium dodecyl sulphate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE). Pada metode DBSS digunakan kultur bakteri rekombinan yang memiliki konstruk AraCDBD sebagai kontrol positif dan kultur bakteri rekombinan tanpa senyawa obat sebagai kontrol negatif. Senyawa obat yang digunakan dalam metoda ini adalah Darunavir, inhibitor yang digunakan dalam pengobatan HIV. Dalam penelitian ini digunakan Darunavir dengan konsentrasi 1, 5 dan 10 ppm. Uji florosensi dilakukan setelah kultur ditumbuhkan selama 16 jam pada suhu 37ºC. Analisis in-silico dilakukan dengan teknik local alignment dengan teknik stretcher pada sequence asam amino dan nukleotida protease HIV CRF01_AE terhadap HIV-1B. Hasil in-silico tersebut menunjukkan kemiripan antara dua sekuens protease tersebut lebih dari 80%. Analisis probabilitas struktur tiga dimensi menunjukkan kemiripan yang tinggi antara struktur tiga dimensi protease HIV-1 sub tipe B dan HIV CRF01_AE. Hal tersebut menunjukkan bahwa terdapat probabilitas yang tinggi untuk interaksi antara Darunavir dengan protease HIV CRF01_AE mirip dengan interaksi Darunavir dengan HIV-1B. Analisis Hasil Elektroforesis hasil PCR menunjukkan pita dengan ukuran ~1075bp yang merupakan amplifikasi dari gen yang diinginkan. Analisis DNA sequencing menunjukkan kemiripan hasil PCR dengan urutan polinukleotida konstruk sebesar 98%. Hasil SDS-PAGE menunjukkan pita dengan ukuran ~24,2 kDa. Pita tersebut diduga merupakan protein fusi dari open reading frame (ORF) plasmid protein protease HIV-ID. Hasil metode DBSS menunjukkan konsentrasi Darunavir yang paling efektif dalam menghambat dimerisas protease HIV-ID adalah 1 ppm. Hal tersebut ditunjukkan dengan nilai rasio normalisasi fluorescence yang dimiliki oleh kultur dengan konsentrasi Darunavir 1 ppm paling tinggi dibandingkan dengan konsentrasi Darunavir yang lain. Oleh karena itu, dalam penelitian ini dapat disimpulkan bahwa metode DBSS dapat digunakan untuk menyeleksi obat anti-HIV untuk HIV isolat Indonesia.