Perpustakaan Digital ITB

Manusia merupakan individu yang berasal dari satu sel tunggal, hasil peleburan sperma dengan ovum yang membentuk zigot. Satu sel awal cikal bakal manusia ini memiliki organel-organel didalamnya, salah satunya adalah mitokondria yang memiliki fungsi utama sebagai penghasil energi dalam sel. Pada organel mitokondria ini terdapat suatu materi genetik tersendiri yang disebut DNA mitokondria (mtDNA). Melalui proses embriogenesis terjadi perkembangan jumlah sel menjadi lebih banyak. Ketika jumlah sel yang ada mencapai tingkat tertentu, sel-sel tersebut mengalami diferensiasi menjadi tiga lapisan embrio, yaitu lapisan ektoderm, mesoderm, dan entoderm. Beberapa penyakit genetik dapat disebabkan oleh mutasi yang terjadi pada genom mitokondria. Penyakit ini dapat mengenai semua sel-sel jaringan tubuh, tetapi ada yang terjadi hanya pada jaringan tertentu saja. Misalnya, MERRF pada jaringan otot, LHON pada jaringan saraf optik, dan KS Syndrome terjadi pada jaringan mata. Selama proses embriogenesis tersebut belum diketahui apakah terjadi perbedaan urutan nukleotida mtDNA pada setiap lapisan tersebut. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui apakah terdapat perbedaan urutan nukleotida mtDNA manusia fragmen D-loop pada jaringan-jaringan yang berasal dari lapisan mesoderm individu yang berbeda. Sampel yang dianalisis berasal dari jaringan limfa (L-1 dan L-2) dan jaringan ginjal (G-1 dan G-2) dua individu. Masing-masing sampel jaringan dilisis untuk memperoleh DNA templat. Kemudian diamplifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Fragmen DNA hasil amplifikasi sampel jaringan tersebut ditentukan urutan nukleotidanya dengan metode Dideoksi Sanger. Kemudian dilakukan analisis in silico menggunakan software SeqManTMII, EditSeq dan MegAlignTM DNASTAR. Amplifikasi dilakukan dengan menggunakan primer M1 (15978 – 15997) dan HV2R (429 – 409), yang masing-masing berukuran 20 nt dan 21 nt untuk mengamplifikasi fragmen DNA sepanjang 0,9 kb. Konfirmasi hasil PCR dilakukan dengan metode elektroforesis gel agarosa menggunakan penanda ukuran DNA pUC/HinfI. Keberadaan posisi nukleotida yang termutasi dikonfirmasi dengan melakukan penjajaran antara urutan nukleotida sampel G-1 dan L-1 serta urutan nukleotida sampel G-2 dan L-2 menggunakan program SeqManTMII dan MegAlignTM DNASTAR. Analisis hasil PCR untuk sampel G-1, L-1, G-2, dan L-2 berdasarkan elektroforesis menunjukkan adanya pita fragmen DNA yang berukuran sekitar 0,9 kb. Elektroforegram hasil sequencing semua sampel diperoleh 947 pasang basa nukleotida. Basa-basa nukleotida sampel G-1 dan G-2 disejajarkan dengan basa- basa nukleotida sampel L-1 dan L-2 menggunakan analisis in silico. Hasil penjajaran sampel jaringan G-1 dan L-1 menunjukkan adanya perbedaan urutan nukleotida. Perbedaan tersebut terdeteksi pada posisi nukleotida 310 yaitu delesi C. Sedangkan pada sampel G-2 dan L-2 tidak menunjukkan adanya perbedaan urutan nukleotida. Perbedaan urutan nukleotida pada individu satu juga ditemukan pada penelitian sebelumnya yang terdapat di posisi (16183) delesi C pada lapisan endoderm, dan posisi C(16197)T, C(16270)G, dan C(16444)T dari lapisan ektoderm. Hal ini mengindikasikan bahwa selama proses embriogenesis dalam perkembangan jaringan-jaringan pada ketiga lapisan individu satu tersebut terdapat mutasi. Hasil ini menyarankan perlu dilakukan penelitian lebih lanjut mengenai homologi urutan nukleotida mtDNA berbagai jaringan pada ketiga lapisan embrio manusia dari satu individu.