Virus Zika merupakan salah satu kelompok Flavivirus yang beberapa tahun ini menjadi epidemik pada tahun 2015-2016 di beberapa negara di Amerika Selatan serta diduga menyebabkan mikrosefali pada beberapa bayi di Brazil bagian timur laut. Metode serologi yang merupakan metode diagnosis utama dalam mendeteksi virus Zika seringkali tidak dapat memberikan hasil yang spesifik, disebabkan karena sifat cross-reactive antara virus Zika terhadap Flavivirus lainnya. Karena itu, tujuan utama dari penelitian ini untuk mengembangkan antigen multi-epitop yang dapat membedakan infeksi yang disebabkan oleh virus Zika terhadap Flavivirus lainnya dengan menggunakan protein envelope dari virus Zika sebagai target. Hasil analisis in sillico menunjukkan sekuens 149SGMIVNDTGHETDENRAKVEITPNSPRAEATLGG182 dan 273LEAEMDGAKGRLS285 merupakan dua daerah sekuens asam amino pada protein envelope yang diduga merupakan epitop sel B yang spesifik terhadap virus Zika ; keduanya berada di domain I dan domain I/II, secara berurutan. Hasil PCR menunjukkan terdapatnya pita berukuran 882 bp, yang merupakan jumlah ukuran sekuens DNA dua epitop hasil prediksi, protein linker L18, dan protein tag. Hasil sekuensing DNA menunjukkan tingkat konservasi sebesar 100%, yang berarti sesuai dengan desain gen sintetik. Hasil SDS-PAGE menunjukkan pita berukuran sekitar 30 kDa (berbeda dengan ukuran secara teoritis, 24 kDa). Pada penelitian ini , antigen multi-epitop dari virus Zika telah berhasil dikonstruksi dalam vektor pET 32b(+) dan diduga dapat diekspresikan dalam E.coli BL21 (DE3).