Perpustakaan Digital ITB

Makroalga adalah organisme fotosintesis multiseluler yang hidup di air. Beberapa spesies makroalga sangat susah diidentifikasi jika berdasarkan morfologinya saja karena memiliki kemiripan yang besar. Oleh karena itu identifikasi keanekaragaman makroalga Indonesia berdasarkan genotipnya menjadi sangat penting untuk dapat memperkaya informasi genetik makroalga Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keanekaragaman genetik makroalga Indonesia dari daerah Pantai Sayang Heulang, Kabupaten Garut, Jawa Barat dengan menggunakan marka 18S rRNA daerah V4. Penelitian dilakukan dalam 7 tahap yaitu pengambilan sampel, analisis morfologi sampel, isolasi DNA total makroalga, isolasi gen dengan cara amplifikasi PCR, elektroforesis gel agarosa, penentuan urutan nukleotida gen dan analisis urutan nukleotida gen. Pengambilan sampel dilakukan pada koordinat 107o41’18,96” – 107o41’20,99” BT dan 7o40’1,59” – 7o40’3,44” LS dengan metode transek kuadrat di Pantai Sayang Heulang, Kabupaten Garut, Jawa Barat pada tanggal 13 Juli 2017. Analisis morfologi sampel dipandu dengan kunci identifikasi. DNA total makroalga diisolasi berdasarkan metode CTAB dan DNeasy Plant Mini Kit. Gen diisolasi dengan cara amplifikasi PCR. Isolat DNA total dan amplikon gen dikonfirmasi dengan elektroforesis gel agarosa. Urutan nukleotida gen ditentukan dengan metode Sanger dan dianalisis menggunakan beberapa perangkat lunak, seperti: DNA Baser v4.36.0 (contig hasil sekuensing), BLAST (evaluasi urutan nukleotida), ClustalW dari Bioedit (penjajaran urutan nukleotida dan analisis polimorfisme nukleotida tunggal atau Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs)) dan Mega 7.0.26 (konstruksi pohon filogenetik dan penentuan nilai jarak genetik dengan matriks model p-distance). Konstruksi pohon filogenetik dilakukan dengan metode maximum likehood phylogeny dan maximum parcimony. Sebanyak 27 spesies makroalga berhasil ditemukan dan diidentifikasi. Identifikasi ini dilakukan berdasarkan hasil analisis urutan nukleotida gen 18S rRNA daerah V4 (khusus sampel BFE disertai gen 18S rRNA parsial dan gen rbcL parsial) dan hasil analis morfologi (2 sampel yaitu BF dan S28 baru diidentifikasi berdasarkan morfologi saja). Berikut adalah rincian hasil identifikasi makroalga: (i) hingga level spesies yaitu: Acanthophora spicifera (AS1), Gelidiella acerosa (GA1), Wurdemannia miniata (GC1), Gracilaria canaliculata (GCra), Corralina officinalis (HM), Chondrophycus succisus (Lsp1), Gracilaria edulis (S11, S18, S19 dan GG1), Gracilaria foliifera (S14), Gracilaria corticata (S28), Padina australis (PA), Sargassum vachellianum (SP dan Ssp), Ulva reticulata (UR), Caulerpa sertularioides (CS), Valoniopsis pachynema (CL1) dan Boergesenia forbesii (BF); (ii) hingga level genus yaitu: Grasilaria sp. (GS1), Chondrophycus sp. (LP1 dan S29), Ulva sp. (UL, UF dan EI), Turbinaria sp. (TO), Hormophysa sp. (Dsp), Asterocladon sp. (BFE) dan Chaetomorpha sp. (CC); (iii) hingga level subkelas yaitu: subkelas Rhodymeniophycidae (ED1); (iv) hingga level kelas yaitu: kelas Florideophyceae (RP). Sebanyak 2 sampel makroalga memiliki SNPs yang spesifik berdasarkan hasil penjajaran urutan nukleotida gen 18S rRNA daerah V4. Sampel tersebut adalah sampel HM (Corralina officinalis) dari divisi Rhodophyta yang memiliki 6 SNPs dan sampel PA (Padina australis) dari divisi Ochrophyta yang memiliki 2 SNPs. Nilai jarak genetik tertinggi untuk divisi Rhodophyta adalah 0,164 (Sampel Lsp1 dengan GCra), sedangkan yang terendah adalah 0,000 (sampel LP1 dengan S29). Nilai jarak genetik tertinggi untuk divisi Ochrophyta adalah 0,061 (Sampel PA dengan SP), sedangkan yang terendah adalah 0,006 (sampel SP dengan TO). Nilai jarak genetik tertinggi untuk divisi Chlorophyta adalah 0,308 (sampel CS dengan CC), sedangkan yang terendah adalah 0,000 (sampel UF dengan UL). Nilai jarak genetik tertinggi untuk gabungan sampel makroalga Pantai Sayang Heulang adalah 0,330 (sampel GC1 dengan CS, dan sampel GA1 dengan CS), sedangkan yang terendah adalah 0,000 (sampel UF dengan UL, dan sampel LP1 dengan S29). Nilai jarak genetik rata-rata dari setiap divisi adalah 0,107 (divisi Rhodophyta), 0,036 (divisi Ochrophyta) dan 0,174 (divisi Chlorophyta).