Molten Salt Reactor merupakan salah satu reaktor Generasi IV yang dikembangkan di Jepang. Bahan bakar yang digunakan berupa garam cair (molten salt) dengan komposisi 71.76% LiF, 16% BeF2, 12% ThF4 dan 0.24% 233UF4, dan moderator grafit. Pada penelitian ini dilakukan analisis neutronik dengan menggunakan PIJ dan CITATION dari program SRAC (versi 2002) dan JENDL 3.2 pada reaktor MSR jenis Fuji-U3. Perhitungan dilakukan dengan menggunakan bahan bakar 233U-Thorium sebagai dasar perhitungan berdasarkan referensi yang digunakan. Selain itu digunakan pula bahan bakar reactor grade, weapon grade dan super grade Plutonium. Berdasarkan hasil perhitungan konsentrasi reactor grade Plutonium yang dibutuhkan agar reaktor kritis selama 2000 EFPD adalah 2.71% , weapon grade Plutonium yaitu 0.77% dan super grade Plutonium yaitu 0.60%. Tingginya konsentrasi reactor grade Plutonium yang dibutuhkan yaitu akibat faktor multiplikasi efektif yang lebih rendah dibandingkan weapon grade Plutonium dan super grade Plutonium. Hal ini juga disebabkan oleh adanya serapan neutron dari bahan fertil yang lebih tinggi dari bahan bakar reactor grade Plutonium. Selain itu juga dilakukan analisis berdasarkan conversion ratio dan spektrum neutron terhadap energinya.