Perpustakaan Digital ITB

Data di Indonesia menunjukkan bahwa, sekitar 7 juta penduduk Indonesia mengidap infeksi virus Hepatitis C. Oleh karena itu perlu dikembangkan tes diagnostik kuantitatif untuk mendeteksi penyakit tersebut. Sampai saat ini telah berkembang beberapa assay komersial yang mampu mengkuantifikasi jumlah RNA virus dalam tubuh seseorang sekaligus memantau keberhasilan terapi antiviral. Namun beberapa assay komersial yang ada tersebut belum bisa diterapkan di Indonesia sepenuhnya terutama di daerah yang jauh dari pusat kota, karena biaya operasionalnya yang mahal. Mengingat genom HCV yang sangat beragam, beberapa infeksi virus ini tidak bisa terdeteksi dengan assay komersial yang ada. Berdasarkan hal tersebut, pada penelitian ini dikembangkan suatu tes alternatif dengan menggunakan metode Real-Time PCR yang mampu mendeteksi dan mengkuantifikasi subtipe RNA virus HCV yang umum dijumpai di Indonesia (subtipe 1a, 1b, 1c, 2a, 2e, 2f, 3a, 3k, dan 4a). Pada penelitian ini kandidat pasangan primer yang diperoleh dari database NCBI dipilih berdasarkan daerah lestari genom HCV yang mengamplifikasi fragmen 5’UTR HCV dengan panjang amplikon 156 bp (posisi urutan basa ke: 74-229). Kontrol positif yang digunakan adalah plasmid pUC57 yang mengandung gen sintetik fragmen 5’UTR HCV yang dirancang dengan menggunakan software Bioedit Sequence Alignment Editor. Sensitivitas dan linearitas dari assay yang dikembangkan ditentukan dengan menggunakan plasmid standar tersebut sebagai kontrol positif. Untuk melihat linearitas kurva standar, maka serial pengenceran kontrol positif dibuat dari konsentrasi 1011 kopi/mL sampai dengan 101 kopi/mL. Berdasarkan data yang diperoleh didapatkan bahwa assay yang dikembangkan memiliki linearitas pada batasan 1011 – 106 kopi/ml. Efisiensi dari assay yang dikembangkan 67% dengan nilai R2 = 0,9912. Berdasarkan hasil ini, metode Real-Time PCR ini dapat digunakan sebagai tes diagnostik alternatif yang mudah dan efisien untuk mendeteksi dan mengkuantifikasi jumlah virus HCV dengan batasan terendah yang masih bisa dikuantifikasi 106 kopi/ml.