Studi transpor sedimen di Teluk Ambon Dalam (TAD) dilakukan dengan pemodelan baroklinik 3 dimensi (3D) ECOMSED pada musim timur (bulan Juni) dan musim barat (bulan November) 2014. Pasang surut dan debit sungai dijadikan sebagai gaya pembangkit dalam model tersebut. Pola arus di TAD dipengaruhi oleh pasang surut, batimetri, dan bentuk garis pantai. Arus horizontal dengan kecepatan yang besar terdapat di sill berkisar antara 0,2 – 0,3 m/s dan kecepatan arus semakin berkurang ke arah lepas pantai sekitar 0,1 m/s. Hasil simulasi diketahui bahwa sedimen menumpuk di bagian barat, timur, dan utara TAD. Konsentrasi sedimen yang paling besar terdapat di muara Waiheru, Waitonahitu, Waisala, dan Wailata berkisar antara 40 – 75 mg/l untuk musim timur dan 18 – 25 mg/l untuk musim barat. Konsentrasi sedimen di muara Waireka relatif kecil berkisar antara 48 – 60 mg/l untuk musim timur dan 18 – 23 mg/l untuk musim barat. Perbedaan konsentrasi sedimen terhadap kedalaman dari permukaan sampai dasar di TAD saat musim timur sekitar 10 – 25 mg/l dan musim barat sekitar 5 – 10 mg/l.